Protokollid (Märts 2020)

Kõrgendatud pluss-labürindi kasutamine näriliste ärevusest tingitud käitumise analüüsiks

Kõrgendatud pluss-labürindi kasutamine näriliste ärevusest tingitud käitumise analüüsiks

Abstraktne Kõrgendatud pluss labürint on näriliste jaoks laialt kasutatav käitumisanalüüs ja see on valideeritud farmakoloogiliste ainete ja steroidhormoonide ärevusevastase mõju hindamiseks ning ärevusest tingitud käitumise aluseks olevate ajupiirkondade ja mehhanismide määratlemiseks. Lühidalt, rotid või hiired asetatakse labürindi nelja haru ristumiskohta, silmitsi avatud haruga, ja mõlema haru kanded / kestus registreeritakse videojälgimissüsteemi ja vaatleja abil samaaegselt 5 minuti jooksul. Samuti võib tähe

Hiirte embrüonaalsete tüvirakkude kesknärvisüsteemi eellaste ja neuronite määratletud ja ühtlase populatsiooni genereerimine

Hiirte embrüonaalsete tüvirakkude kesknärvisüsteemi eellaste ja neuronite määratletud ja ühtlase populatsiooni genereerimine

Abstraktne Kirjeldatud on üksikasjalikku protokolli, mis võimaldab genereerida hiire embrüonaalsete tüvirakkude (ES) rakkudest praktiliselt puhtaid glutamatergiliste neuronite populatsioone. See põhineb ES-rakkude kultuuril, mida hoitakse korduvalt jagades eristamata ja seejärel amplifitseeritakse mittekleepuvate rakuagregaatidena. Tööt

Parandus: hiirte korduva sotsiaalse lüüasaamise stressi standardiseeritud protokoll

Parandus: hiirte korduva sotsiaalse lüüasaamise stressi standardiseeritud protokoll

Algne artikkel avaldati 21. juulil 2011 Nat. Protokoll. 6 , 1183–1191 (2011); doi: 10.1038 / nprot.2011.361; avaldatud veebis 21. juulil 2011; parandatud pärast printimist 17. detsembril 2014 Selle artikli algselt avaldatud versioonis tekkis teatava segaduse osas lause "Lisaks peaks lüüasaamised toimuma pideva veterinaarkontrolli all ning kõigi vajalike institutsionaalsete kontrollnõukogude ja standardite täieliku heakskiiduga."

Tsütokinees-blokeeri mikrotuuma tsütomi test

Tsütokinees-blokeeri mikrotuuma tsütomi test

Seda artiklit on värskendatud Abstraktne Tsütokineesi blokeeriva mikrotuuma tsütomeetri test on terviklik süsteem DNA kahjustuste, tsütostaasi ja tsütotoksilisuse mõõtmiseks. DNA kahjustuse sündmusi hinnatakse konkreetselt jagatud kahetuumalistes (BN) rakkudes ja need hõlmavad (a) mikrotuumasid (MNi), kromosoomi purunemise ja / või kogu kromosoomi kaotuse biomarkerit, b) nukleoplasmaatilisi sildu (NPB), DNA biomarkerit ekslik parandamine ja / või telomeeride lõppfusioonid ja (c) tuumapungad (NBUD), biomarker amplifitseeritud DNA ja / või DNA paranduskomplekside elimineerimiseks. Tsütostaatil

Fluorotürosiinide saitespetsiifiline liitmine E. coli ribonukleotiidi reduktaasi R2 subühikusse ekspresseeritud valgu ligeerimise teel

Fluorotürosiinide saitespetsiifiline liitmine E. coli ribonukleotiidi reduktaasi R2 subühikusse ekspresseeritud valgu ligeerimise teel

Abstraktne Ekspresseeritud valgu ligeerimine (EPL) võimaldab sihtvalgu senisünteesi, sondide või ebaloomulike aminohapete spetsiifilise inkorporeerimisega selle N- või C-otsa. Siin kirjeldame protokolli, mille meie labor on välja töötanud fluorotürosiinide (F n Ys) lisamiseks Escherichia coli ribonukleotiidi reduktaasi väikese subühiku jääki 356, kasutades EPL. Selle prot

Parandus: üksikute rakkude genoomi hõlmava koopiaarvu analüüs

Parandus: üksikute rakkude genoomi hõlmava koopiaarvu analüüs

Algne artikkel avaldati 03. mail 2012 Nat. Protokoll. 7 , 1024–1041 (2012); avaldatud veebis 3. mail 2012; parandatud pärast printimist 24. veebruaril 2016 Selle artikli algselt avaldatud versioonis olid NaCl kontsentratsiooni ühikud NST puhvris, mida on kirjeldatud jaotises Reagentide seadistamine, valed. Õi

Suure läbilaskevõimega in vivo mikrotuuma test hiirte genoomi ebastabiilsuse sõelumiseks

Suure läbilaskevõimega in vivo mikrotuuma test hiirte genoomi ebastabiilsuse sõelumiseks

Õppeained DNA kahjustus ja parandamine Voolutsütomeetria Genoomne ebastabiilsus Hiir Abstraktne Kirjeldame tundlikku, vastupidavat ja suure läbilaskevõimega meetodit mikrotuumade, genoomi ebastabiilsuse markerite moodustumise kvantifitseerimiseks hiire erütrotsüütides. Mikrotuumad on terved kromosoomid või kromosoomi segmendid, mis on tuumast eraldatud. Muud t

Substraadi aktiivsuse sõelumine (SAS): üldine protseduur fragmentidepõhise mittepeptiidse proteaasi substraadi raamatukogu ettevalmistamiseks ja skriinimiseks inhibiitorite avastamiseks

Substraadi aktiivsuse sõelumine (SAS): üldine protseduur fragmentidepõhise mittepeptiidse proteaasi substraadi raamatukogu ettevalmistamiseks ja skriinimiseks inhibiitorite avastamiseks

Abstraktne Substraadi aktiivsuse sõeluuring (SAS) on fragmentidepõhine meetod uute substraatide kiireks väljatöötamiseks ja nende muundamiseks Cys ja Ser proteaaside mittepeptiidseteks inhibiitoriteks. Meetod koosneb kolmest etapist: (i) mitmesuguste, madala molekulmassiga N -atsüülrühmadega N- atsüülaminokumariinide raamatukogu skriinitakse, et tuvastada proteaasi substraadid lihtsa fluorestsentsil põhineva testi abil; (ii) identifitseeritud N- atsüülaminokumariini substraadid optimeeritakse kiire analoogsünteesi ja hindamisega; ja (iii) optimeeritud substraadid muundatakse inhibiitoriteks ami

Veiste kromafiinrakkude primaarne kultuur

Veiste kromafiinrakkude primaarne kultuur

Abstraktne Selles protokollis kirjeldatakse üksikute kromafiinrakkude primaarset kultuuri, mis on saadud veise neerupealise neerupealise medulla ensümaatilise seedimisega. Alates 1970. aastate lõpust on sellised rakud pakkunud kasuliku mudelisüsteemi neurotransmitterite biosünteesi, hoidmise ja vabastamise uurimiseks katehoolaminergilises süsteemis. Prot

Biosensoril põhinevad testid PQS, HHQ ja sarnaste 2-alküül-4-kinolooni kvoorumi signaalmolekulide jaoks

Biosensoril põhinevad testid PQS, HHQ ja sarnaste 2-alküül-4-kinolooni kvoorumi signaalmolekulide jaoks

Abstraktne 2-alküül-4-kinoloonid (AHQ-d), nagu 2-heptüül-3-hüdroksü-4-kinoloon (PQS) ja 2-heptüül-4-kinoloon (HHQ), on kvoorumi tuvastavad signaalmolekulid. Siin kirjeldame AHQ tuvastamise, esialgse tuvastamise ja kvantifitseerimise meetodeid, mis kasutavad luksil põhinevat Pseudomonas aeruginosa AHQ biosensoritüve. Protokol

Kromosoomi konformatsiooni hõivamise testide kvantitatiivne analüüs (3C-qPCR)

Kromosoomi konformatsiooni hõivamise testide kvantitatiivne analüüs (3C-qPCR)

Abstraktne Kromosoomide konformatsiooni püüdmise (3C) tehnoloogia on teerajaja metoodika, mis võimaldab in vivo genoomi korraldust uurida skaalal, mis hõlmab mõnikümmend kuni mõnesaja kilobaasipaari. Geenivaramu voldimise mõistmine sellisel skaalal on eriti oluline imetajate puhul, kus geeniregulatsioonis osalevad hajutatud regulatoorsed elemendid, näiteks tugevdajad või isolaatorid. 3C tehno

Xenopuse munarakkude ja lagundatud spermakromatiini rakuvabade ekstraktide genereerimine in vitro moodustatud tuumade kokkupanekuks ja eraldamiseks Western blot analüüsi ja skaneeriva elektronmikroskoopia (SEM) jaoks

Xenopuse munarakkude ja lagundatud spermakromatiini rakuvabade ekstraktide genereerimine in vitro moodustatud tuumade kokkupanekuks ja eraldamiseks Western blot analüüsi ja skaneeriva elektronmikroskoopia (SEM) jaoks

Abstraktne Selles protokollis kirjeldatakse meetodeid rakuvabade ekstraktide ja DNA mallide genereerimiseks vastavalt küünistega kärnkonna Xenopus laevis munadest ja spermakromatiinist . Oleme seda süsteemi kasutanud skaneeriva elektronmikroskoopiaga (SEM), nagu siin on üksikasjalikult kirjeldatud, et analüüsida eukarüootsete tuumaümbriste (NE-de) ja tuuma poorikomplekside (NPC) biokeemilisi nõudeid ja struktuurilisi radu. See prot

Genoomide saamine kasvatamata keskkonna mikroorganismidest FACS-põhise üherakulise genoomika abil

Genoomide saamine kasvatamata keskkonna mikroorganismidest FACS-põhise üherakulise genoomika abil

Õppeained Keskkonna mikrobioloogia Voolutsütomeetria Genoomika Kogu genoomi amplifikatsioon Abstraktne Üherakuline genoomika on võimas vahend keskkonna mikroorganismide geneetilise struktuuri uurimiseks, millest valdavat osa on praeguse lähenemisviisi abil keeruline, kui mitte võimatu harida. Siin tutvustame terviklikku protokolli kasvatamata keskkonna mikroobidest genoomide saamiseks suure läbilaskevõimega üherakulise isoleerimise abil FACS-i abil. Protoko

Kollageenist põhjustatud artriit

Kollageenist põhjustatud artriit

Abstraktne Kollageenist põhjustatud artriidi (CIA) hiiremudel on reumatoidartriidi kõige sagedamini uuritud autoimmuunne mudel. Selle mudeli korral indutseeritakse autoimmuunne artriit täieliku Freundi adjuvandi ja II tüüpi kollageeni (CII) emulsiooniga immuniseerimisega. Selles protokollis kirjeldatakse CII omandamiseks, käitlemiseks ja ettevalmistamiseks vajalikke etappe, samuti hiire tüvede valimist, sobivat immuniseerimistehnikat ning artriidi esinemissageduse ja raskuse hindamist. Taval

Aju organoidide genereerimine inimese pluripotentsetest tüvirakkudest

Aju organoidide genereerimine inimese pluripotentsetest tüvirakkudest

Õppeained Närvisüsteemi areng Neurogenees Neuroloogilised mudelid Tüvirakkude diferentseerimine Abstraktne Inimese aju arengul on mitmeid unikaalseid aspekte, näiteks neuronite väljundi suurenenud keerukus ja laienemine, mida on mudelistes organismides keeruline uurida. Seetõttu on in vitro lähenemisviisid inimese aju arengu ja haiguste modelleerimiseks intensiivne uurimistöö. Siin kir

Erratum: superkeerdunud ümmarguse DNA lõhendatud osakeste analüüs peptiidi nukleiinhappe käepidemete abil

Erratum: superkeerdunud ümmarguse DNA lõhendatud osakeste analüüs peptiidi nukleiinhappe käepidemete abil

Algne artikkel avaldati 21. augustil 2014 Nat. Protokoll. 9 , 2206–2223 (2014); doi: 10.1038 / nprot.2014.152; avaldatud veebis 21. augustil 2014; parandatud pärast printimist 12. septembril 2014 Selle artikli algselt avaldatud versioonis ei olnud allikat, millest jooniseid 2, 4, 8 ja 9 kohandati, tsiteerida ja krediteerida õigesti. Vi

Hiire võrkkesta mononukleaarsete fagotsüütide täielik analüüs

Hiire võrkkesta mononukleaarsete fagotsüütide täielik analüüs

Õppeained Neuroimmunoloogia Võrkkest Abstraktne Kaasasündinud immuunsussüsteem aktiveeritakse paljude degeneratiivsete ja põletikuliste võrkkestahäirete korral, näiteks vanusega seotud kollatähni degeneratsioon (AMD). Võrkkesta mikroglia, koroidsed makrofaagid ja värvatud monotsüüdid, mida ühiselt nimetatakse võrkkesta mononukleaarseteks fagotsüütideks, on silmahaiguse tulemuse kriitilised määrajad. Paljud väljaanded

Immobiliseeritud metalli afiinsuse väljatöötamine, valideerimine ja rakendamine fosfokeemiliste ainetega (IMAP) põhinevatel suure läbilaskevõimega sõelkatsetel madala molekulmassiga ühendite raamatukogudes

Immobiliseeritud metalli afiinsuse väljatöötamine, valideerimine ja rakendamine fosfokeemiliste ainetega (IMAP) põhinevatel suure läbilaskevõimega sõelkatsetel madala molekulmassiga ühendite raamatukogudes

Abstraktne See protokoll kirjeldab automatiseeritud immobiliseeritud metalli afiinsuse analüüsi väljatöötamist, valideerimist ja rakendamist fosfokeemiliste (IMAP) põhineva fluorestsentspolarisatsiooni (FP) ja ajaliselt eraldatud fluorestsentsi resonantsi energiaülekande (TR-FRET) suure läbilaskevõimega sõeluuringu (HTS) testide tuvastamiseks madala molekulmassiga kinaasi inhibiitorid. Mõlemad

Parandus: koobaltil põhinevad nanokatalüsaatorid rohelise oksüdeerimise ja hüdrogeenimise protsesside jaoks

Parandus: koobaltil põhinevad nanokatalüsaatorid rohelise oksüdeerimise ja hüdrogeenimise protsesside jaoks

Algne artikkel avaldati 21. mail 2015 Nat. Protokoll. 10 , 916–926 (2015); avaldatud veebis 21. mail 2015; parandatud pärast printimist 16. septembril 2015 Selle artikli algselt avaldatud versioonis oli 1. lahtris vale pealkiri; õige pealkiri on "Katalüsaatori ringlussevõtu katsed nitrobenseeniga: 30 tundi."