Uudne pöördemomendi teno miniviiruse liik (ttmv) kroonilise periodontiidi patsientide igemekoes | teaduslikud aruanded

Uudne pöördemomendi teno miniviiruse liik (ttmv) kroonilise periodontiidi patsientide igemekoes | teaduslikud aruanded

Anonim

Õppeained

  • Epidemioloogia
  • Geneetika uuringud
  • Riskitegurid

Abstraktne

Periodontitiidiga patsientide igemekudedes tuvastati viirusliku metagenoomika meetodil uus pöördemomendi teno miniviiruse liik nimega TTMV-222. TTMV-222 2803-nukleotiidne genoom on tihedalt seotud TTMV1-CBD279-ga, nukleotiidide üldise sarnasusega 62, 6%. Uue viiruse genoomi geneetilised analüüsid paljastasid klassikalise genoomse organisatsiooni, kuid nõrga identiteedi teadaolevate järjestustega. TTMV-222 levimus periodontiidi rühmas (n = 150) oli oluliselt kõrgem kui tervete rühmas (n = 150) ( p = 0, 032), mis viitab sellele, et kroonilise parodontiidi põdevatel patsientidel võib uus viirus olla seotud põletikuga. See leid nõuab siiski täiendavat uurimist.

Sissejuhatus

Periodontiit on tavaline, mitmefaktoriline, krooniline suuhaigus, mis võib põhjustada hammaste varase kaotuse. Kuigi periodontaalse haiguse esinemissagedus on kõrge, jääb etioloogia ebaselgeks. Arvatakse, et selle haiguse patogeneesis mängivad rolli mitmed nakkusetekitajad. Bakterid, nagu Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia , Aggregatibacter actinomycetemcomitans ja Treponema denticola, arvatakse olevat periodontaalse haiguse peamised põhjustajad 1, 2, 3, 4, 5, kuid bakteriteooria ei suuda täielikult selgitada kõiki kliinilisi sümptomeid, mis on seotud parodontiit 6, 7, 8 . Hoolimata suuõõnes esinevate rohkete periodontopaatiliste bakterite olemasolust, on parodontiit kohaspetsiifiline haigus. Haiguse kulg hõlmab remissiooniperioode, mille võivad katkestada kliiniliste ägenemiste episoodid 9 . Selle nähtuse varjatud bioloogilist alust ei mõisteta selgelt. Viiruste võimalik roll periodontaalse haiguse episoodides on hakanud rohkem tähelepanu köitma 10 . Viirused on seotud periodontaalsete haiguste patogeneesiga alates 1990. aastate keskpaigast 11, 12, 13, 14, 15 . Varasemad andmed on näidanud, et üksikud periodontaalsed kahjustused sisaldavad miljoneid herpeseviiruste, papilloomiviiruste, inimese T-lümfotroopse viiruse 11, B-hepatiidi viiruse 12, C-hepatiidi viiruse 13, inimese immuunpuudulikkuse viiruse (HIV) ja pöördemomendi tenoviiruse genoomseid koopiaid ( TTV) 14 . Chikungunya viirust seostati ka India gingiviidihaigetega 15 . Hiljutistes uuringutes on arutatud bakteriofaagide võimalikku rolli periodontaalhaigusega patsientidel, viidates sellele, et suu kaudu manustatavad faagid võivad olla ekspresseeritud rohkem perioodiliselt tervetel isikutel ja parodontiit võib olla kasulik mõnede lüütiliste faagide ekspressiooniks 1, 16 . Kõik need uuringud on andnud uue ülevaate selle haiguse võimalikust põhjusest.

Viiruse metagenoomika on võimeline iseloomustama viiruste kooslusi ja tuvastama varem iseloomustamata viirused, tuginedes järjestuse sarnasustele varem sekveneeritud viiruse genoomidega 17, 18, 19, 20 . Seda strateegiat on kasutatud paljude viiruste avastamiseks nii mere- kui ka mageveekeskkonnas ning inimeste ja loomade proovides 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 . Käesolevas uuringus iseloomustasime Hiinas kroonilise periodontiidiga patsientide uudset inimese anelloviirust, kasutades viiruse metagenomika tehnoloogiat. Vastuvõetud viiruse ja kroonilise periodontiidi vahelise seose uurimiseks võeti vastu epidemioloogilised strateegiad.

Tulemused

Uue TTMV avastamine

Sellesse uuringusse kaasati kokku 48 kroonilise parodontiidi subjekti (24 meest ja 24 naist) keskmise vanusega 42, 2 aastat. Kõik nad said periodontaalse eksami Hiinas Shanghai Jiao Tongi ülikoolis asuvas meditsiinikoolis asuvas üheksas rahvahaiglas. Iga diagnoos põhines kliinilistel ja radiograafilistel avastustel vastavalt meetodites kirjeldatud kaasamise standarditele. Kõigi osalejate keskmine taskusügavus (PD), kliiniline sideme kadu (CAL), igemeindeks (GI) ja naastuindeks (PLI) olid vastavalt 8, 55 mm, 4, 52 mm, 2, 27 ja 2, 58. Proovid võeti igalt patsiendilt. Nendes proovides olevad viirusosakesed ja nende nukleiinhapped rikastati filtreerimise ja nukleaasiga töötlemise teel, enne kui nukleiinhapped ekstraheeriti juhusliku RT-PCR-i jaoks. Seejärel sekveneeriti proovid MiSeq platvormi abil. Parima BLAST skoori ( E <0, 001) põhjal analüüsiti täiendavalt uut viirusjärjestust (222 bp), mida identifitseeriti kui anelloviirust. Sellel järjestusel oli 39% aminohappeline homoloogia inimese teadaoleva anelloviirusega.

Äsja tuvastatud viiruse täispikad nukleotiidjärjestused

Uue 222-bp viiruse järjestuse põhjal olid praimerid (AL1 5′-A * C * TCGTGTGTCTCCTCCTCG-3 ′, AR1 5′-C * G * GAGACGGCATCACATCAG-3 ′, AR2 5′-TGATACCCGGCTGATCTTGG-3 ′) võimendamine pöörd-PCR ja Sangeri sekveneerimisega. Uue isolaadi täielik genoom oli 2803 aluspaari pikkune ja sisaldas kolme avatud lugemisraami (ORF) (joonis 1). ORF1 on 1941 aluspaari (nt316–2256) pikk ja kodeerib 646-aminohappevalku. ORF2 on 267 aluspaari (nt170–436) pikk ja kodeerib 88 aminohappest koosnevat valku. See ORF kattub osaliselt ORF1-ga (nt316–436). ORF3 on 273 aluspaari (nt1979–2251) pikk, kodeerib 90-aminohappevalku ja kattub ka ORF1-ga (nt1979–2251). Need omadused on kooskõlas inimese TTMV tüvede koostisega, mille kohta on teatatud 30, 31 . Uue isolaadi viiruse genoom deponeeriti GenBanki (registreerimisnumber: KU041847) ja selle nimi oli TTMV-222.

Image

Märkused ja illustratsioonid tehti Vector NTI 10 abil.

Täissuuruses pilt

TTMV-222 järjestuse analüüs

Fülogeneetiline puu (joonis 2) konstrueeriti ORF1-ga TTMV-222 ja TTMV võrdlusliikidest 31 . TTMV-222 on seotud TTMV1-CBD279, TTMV2-NLC023 ja TTMV3-NLC026, mis kõik kuuluvad perekonna Betatorque viiruse perekonna pöördemomendi teno mini viiruse (TTMV) juurde (joonis 2). Homoloogianalüüsist selgus, et TTMV-222-l on vastavalt 62, 6% ja 55, 8% nukleotiidihomoloogiat vastavalt tüvede TTMV1-CBD279 (GenBank registreerimisnumber AB026931) ja TTMV2-NLC023 tüvedega (GenBanki registreerimisnumber AB038629) (tabel 1). ORF1 korral on TTMV-222 kõrgeima nukleotiidihomoloogiaga (60, 4%) tüvega TTMV1-CBD279; TTMV-222 ORF1 omab selle tüvega ka 47, 3% aminohapete homoloogiat (tabel 1). TTMV-222 nukleotiidide ja aminohapete homoloogid koos TTMV etalontüvedega ORF1, ORF2, ORF3 ja täieliku genoomi jaoks on toodud tabelis 1. Noorelde nukleotiidide homoloogiad erinevate TTMV liikide vahel ORF1 jaoks on toodud lisamaterjali tabelis S1. .

Image

Bootstrap-väärtused on näidatud igas hargnemispunktis. Tahked kolmnurgad tähistavad novaalseid TTMV liike.

Täissuuruses pilt

Täissuuruses tabel

TTMV-222 levimuse uurimine

Viidi läbi juhtumikontroll, et uurida seost äsja tuvastatud viiruse levimuse ja kroonilise periodontiidi vahel. Juhtimiskontrolli uuringusse kaasati 150 kroonilise periodontiidiga patsienti (keskmine vanus 45) ja 150 tervet parodontiidiga patsienti (keskmine vanus 40). Iga diagnoos põhines kliinilistel ja radiograafilistel avastustel vastavalt meetodites kirjeldatud kaasamise standarditele. 300-st uuritavast ei täheldatud periodontiidi ja kontrollrühma vahel erinevusi vanuse ega soo jaotuse osas (vastavalt = 0, 647 ja 0, 729). PD keskmised väärtused, keskmine CAL, keskmine PLI, keskmine GI ja verejooksuga katsealuste protsent sondeerimisega (BOP) olid parodontiidiga osalejatel oluliselt kõrgemad kui tervete rühmas. Need andmed on esitatud lisamaterjali tabelites S2 ja S3.

Võimendatud täispika järjestuse põhjal praimerid (DL1 5′-T * G * AGTGAAACCACCGAAGTC-3 ', DR1 5′-C * G * TTACTTGTTGTCCACCAG-3', DL2 5'-ACCACGGATTATTCTGCGGC-3 'ja DR2 5' -AAAAGACCATGCTCCCCCTC-3 ') kavandati kroonilise periodontiidiga patsientide ja perioodiliselt tervete isikute proovide skriinimiseks uudse TTMV jaoks. TTMV-222 viirus tuvastati vastavalt 6, 00% -l (9/150) ja 1, 33% -l (2/150) kroonilise periodontiidiga patsientidest ja perioodiliselt tervetel isikutel. TTMV-222 levimuse erinevus kahe rühma vahel oli statistiliselt oluline ( p = 0, 032), mis viitab sellele, et TTMV-222 tuvastamine võib olla seotud kroonilise periodontiidiga, ehkki see leid nõuab täiendavat uurimist. Samuti tuvastati seosed muude tegurite ja TTMV-222 tuvastamise vahel (tabelid 2 ja 3). Korrelatsioone vanuse ja soolise jaotusega (vastavalt p = 0, 496 ja 0, 290) ei täheldatud.

Täissuuruses tabel

Täissuuruses tabel

Arutelu

Krooniline parodontiit, mis võib kahjustada parodontaalset kudet ja põhjustada inimese hammaste varase kaotuse, on kogu maailmas kõige levinum nakkushaigus 32 . Periodontaalse haiguse põhjustajateks peetakse tavaliselt periopatogeenseid baktereid, ehkki puhta bakteri patogeensuse teooria ei saa katta kõiki parodondihaiguste ilminguid. Järjest enam tõendusmaterjale toetab muude patogeenide kui bakterite rolli periodontaalse haiguse 7, 9, 10 patogeneesis. Hiljuti on viiruste kui periodontaalsete patogeensete tegurite uurimine pälvinud palju tähelepanu 1, 16, 33, 34, 35, eriti herpesviiruste osas. Avaldatud tõendite kohaselt on Epsteini-Barri viirus (EBV) ja inimese tsütomegaloviirus (HCMV) seotud periodontaalse haiguse patogeneesiga 2, 5, 7, 9, 10 . Lisaks võivad bakteriofaagid mängida rolli ka parodontiidis ja parodontiit võib olla kasulik mõnede lüütiliste faagide ekspressiooniks 16 . Sellegipoolest on viiruskoosluse koosseis periodontaalses keskkonnas ja selle seos periodontaalsete haigustega endiselt halvasti mõistetav. Selle kogukonna ülesehituse uurimiseks kasutasime periodontaalse viroomi 17, 19, 20 iseloomustamiseks erapooletut viiruse metagenoomika meetodit.

Inimese anelloviirused avastati esmakordselt 1997. aastal ja need on liigitatud perekonna Anelloviridae kolme perekonda: TTV, perekond Alphatorquevirus ; TTMV, perekond Betatorquevirus ; ja pöördemomendi teno midi viirus (TTMDV), perekond Gammatorquevirus 36, 37 . Nende genoomid koosnevad väikesest üheahelalisest ümmargusest DNA-st ja nende kapsiididel pole lipiidümbriseid. Anelloviiruste genoomide suurus on vahemikus 2, 1-3, 9 kb ja need sisaldavad kolme või nelja kattuvat ORF-i ja lühikest, GC-rikkast transleerimata piirkonda 38 . Värskeimad uuringud on näidanud mitmete anelloviiruse kaasinfektsioonide olemasolu ning TTV-de ja peremeesorganismi immuunsussüsteemi koostoimeid 39, 40.

Selles uuringus tuvastati periodontiidiga patsientide igemekudedes viiruse metagenoomika abil uus inimese uus anelloviirus, TTMV-222. Fülogeneetiline analüüs näitas, et see äsja iseloomustatud genoom kuulus TTMV perekonda. Meie esimene fülogeneetiline puuanalüüs, mis põhines teadaolevatel TTMV genoomsetel järjestustel, näitas suurt tüvede klastrit, mis erinesid ORF1-s üksteisest märkimisväärselt - üle 42% nukleotiidide tasemel ja üle 67% aminohappe tasemel 41, 42 . Fülogeneetilises puus ilmnesid kolm nähtavat klastrit: TTV, TTMDV ja TTMV. TTMV-222 oli geneetiliselt kõige lähemal tüvele TTMV1-CBD279 (GenBanki registreerimisnumber AB026931) ja TTMV2-NLC023 tüvele (GenBanki registreerimisnumber AB038629). Nukleotiidide tasemel jagas TTMV-222 täispikk järjestus 37, 4% ja 44, 2% järjestuse heterogeensust, samas kui TTMV-222 ORF1 jadas oli vastavalt 39, 6% ja 42, 3% järjestuse heterogeensus vastavalt tüvedega TTMV1-CBD279 ja TTMV2-NLC023. Aminohappe tasemel oli TTMV-222 ORF1 tüvede TTMV1-CBD279 ja TTMV2-NLC023 heterogeensusega 52, 7% ja 58, 7% (tabel 1). Tabelis S1 on näidatud ka ORF1 nukleotiidide A% sarnasused TTMV liikide (TTMV1-9, TTMV-222) vahel. Teeme ettepaneku, et TTMV-222 võib olla uus pöördemomendi tenoviiruse liik.

Lisaks uurisime TTMV-222 levimust kroonilise parodontiidiga patsientidel ja perioodiliselt tervetel osalejatel. TTMV-222 levimus kroonilise periodontiidi rühmas oli oluliselt kõrgem kui tervete rühmas ( p = 0, 032), mis viitab sellele, et TTMV-222 võib kroonilise parodontiidi patsientidel olla tõenäolisem kui tervetel inimestel. Avastamiskiirus oli siiski liiga madal, et luua kindel ühendus kroonilise periodontiidi ja TTMV vahel. Selle järelduse põhjuseks võib olla mitu põhjust. Kõigepealt koguti pärast esmast ravi kõik kroonilise periodontiidiga patsientide proovid, sealhulgas supergegatiivne ja subgingivaalne ketendus. Meie teadmiste kohaselt leevendaks selline ravi kindlasti parodontiidi raskust ja vähendaks viiruste arvu 43, 44 . Teiseks on TTMV teatatud levimuse määrad geograafilistes piirkondades märkimisväärselt erinevad. Brasiilia 45, Venemaa 46, Jaapani 47 ja Pakistani 48 andmed on kirjeldanud levimuse määra vahemikus 5% kuni 90%, mis viitab sellele, et TTMV levimus võib olla seotud etnilise päritoluga. Teiste rasside epideemiline olukord nõuab täiendavat uurimist. Võimalik tugev seos TTMV ja kroonilise periodontiidiga vajab täiendavat uurimist.

Kokkuvõtlikult kirjeldab see raport uudseid TTMV liike periodontaalsetest taskutest, mida me nimetasime TTMV-222. See uuring näitas viiruse metagenoomika tõhusust tekkivaid viirusi periodontaalses keskkonnas ja esitas uusi tõendeid viiruste seostamiseks periodontaalsete haigustega.

Meetodid

Proovikogu

Selles uuringus kutsuti osalema patsiente, kes käisid Hiina Jiao Tongi ülikooli Shanghai Jiao Tongi ülikooli meditsiinikooli üheksanda rahvahaigla hambakliinikutes 2014. aasta juunist kuni 2015. aasta juunini. Kõik osalejad läbisid põhjaliku kliinilise periodontaalse uuringu, sealhulgas röntgenikiirte. Kõik osalejad olid süsteemselt terved, kohal oli vähemalt 20 hammast (välja arvatud kolmandad molaarid). Suure jõudlusega sekveneerimiseks koguti 48 raskekujulise periodontiidiga patsiendi (24 meest ja 24 naist) vanuses 18–65 aastat parodondi tasku nakatunud igeme epiteeli proove. Selle uuringu kaasamiskriteeriumid olid: pantomograafia abil 49 tuvastatud keskmine CAL ≥ 3 mm, keskmine PD ≥ 6 mm, BOP ja alveolaarsete luude resorptsioon. Väljajätmiskriteeriumiteks olid: diabeet, südamehaigused, inimese immuunpuudulikkuse viiruse nakkus, rasedus, tugev sigarettide suitsetamine (> 15 sigaretti päevas), eelmine perioodiline ravi (viimase 6 kuu jooksul) ja eelnev antibiootikumide tarbimine (viimase 6 kuu jooksul). Biopsiaproovid olid periodontaalsed taskud või igeme epiteel ja sidekoe, mis olid suunatud tuharasse, mis saadi kirurgilises faasis, mille eesmärk oli tasku eemaldamine. Proove loputati viis korda fosfaatpuhverdatud soolalahusega (PBS), et pesta veri, sülg ja tahvel, ja pandi seejärel viivitamatult Eppendorfi tuubi, mis sisaldas 500 μl PBS-i, transporditi laborisse ja hoiti analüüsiks temperatuuril –80 ° C. . Kõik osalejad allkirjastasid enne uuringusse kaasamist kirjaliku teadliku nõusoleku vormi. Shanghai Jiao Tongi ülikooli meditsiinikooli üheksanda rahvahaigla eetikakomitee kiitis selle uuringu heaks. Uuring viidi läbi vastavalt Helsingi deklaratsiooni põhimõtetele.

Epidemioloogiliseks uurimiseks värvati raskekujulise parodontiidiga 18–65-aastased isikud (kokku 150) ja terve periodontaalse terve vabatahtliku vanus 18–65-aastased isikud. Periodoniidi rühmas olid kaasamise ja väljajätmise standardid samad, mida eespool kirjeldati, ja biopsiaproovid saadi samal viisil. Kontrollrühmas ei ilmnenud osalejatel mingeid ilmseid igemepõletiku kliinilisi tunnuseid ning neil ei olnud tuvastatavat PD ≤4 mm, CAL ja BOP ning neid peeti perioodiliselt terveks. Koeproovid olid igemete epiteel ja sidekoe, mis paiknevad perioodiliselt tervetest kohtadest pärit tuhara suunas. Biopsiad saadi hammaste ekstraheerimise käigus sulkulaarsest piirkonnast. Mõnedel selle rühma katsealustel olid eraldatud saidid BOP-ga, kuid uuringute jaoks võeti proovid ainult sellistest saitidest, kus BOP-i ei olnud. Igal isikul viidi läbi suu täielik kliiniline läbivaatus. Mõlema subjekti PD (mm), CAL (mm), BOP, GI ja PLI registreeriti.

Uue anelloviiruse tuvastamine viiruse metagenoomika abil

Proove keerutati 5 minuti jooksul väikeste magnetiliste helmestega ja sulatati kolm korda. Pärast tsentrifuugimist (10 minutit 13 000 x g juures) koguti 300 μl supernatanti ja filtriti läbi 0, 45 μm filtri, et eemaldada eukarüootsed ja bakteriaalsed rakusuurused osakesed. Kaitsmata nukleiinhapete (mitte viiruse kapsiidides) seedimiseks kasutatakse DNaaside segu (Turbo DNase firmalt Ambion, MA, USA, Baseline-ZERO ettevõttelt Epicenter, IL, USA ja bensoonaasi Novagenist, Darmstadt, Saksamaa) ja RNaasi (Thermo Fisher Filtraatidele, mis olid rikastatud viirusosakestega, lisati Scientific, MA, USA) ja proove inkubeeriti temperatuuril 37 ° C 90 minutit 50 . Seejärel ekstraheeriti viirusnukleiinhapped, kasutades QIAampi viiruse RNA ekstraheerimise komplekti (QIAGEN, Dusseldorf, Saksamaa) vastavalt tootja juhistele, kaitstud lagunemise eest RNaasi inhibiitori lisamisega (Thermo Fisher Scientific, MA, USA) ja hoitakse - Edasiseks töötlemiseks 80 ° C. Viiruse nukleiinhapete raamatukogud, mis sisaldavad nii DNA kui ka RNA viiruse järjestusi, konstrueeriti juhusliku RT-PCR amplifikatsiooni abil Nextera XT DNA proovide ettevalmistamise komplekti (Illumina, CA, USA) põhjal. Raamatukogud sekveneeriti, kasutades MiSeq platvormi. Järjestuse lugemine määrati 48 andme bin-põhisele vöötkoodile. Iga rühma kärbitud järjestused koondati kontiitriteks, kasutades meetodit, mida kirjeldas Eric 51 aastal 2011, kusjuures kahe fragmendi ühendamiseks oli vähemalt 95-protsendiline identsus üle 35 aluspaari. Seejärel võrreldi kokkupandud jätkeid ja ainsuse järjestusi GenBank-iga, kasutades BLASTx. Järjestused, mille E väärtus on ≤10 −5, BLASTx otsingus klassifitseeriti tõenäoliseks eukarüootse viiruse, bakteri, faagi, eukarüooti või muu päritoluga või tundmatuteks, tuginedes parima E väärtusega jada taksonoomilisele päritolule.

Inimese täispika vastanelloviiruse võimendused

Täispikk anelloviirus amplifitseeriti pöördpastatud PCR abil MiSeq analüüsist saadud järjestuse põhjal. Saadi kattuv PCR fragment, mis hõlmas ülejäänud tsirkulaarset genoomi (sisaldab GC-rikka piirkonda), ja seejärel sekveneeriti. Amplifikatsioon viidi läbi kasutades Takara LA Taq polümeraasi ja GC puhvrit I (LA PCR Kit Ver.2.1, TaKaRa, Dalian, Hiina) ja see viidi läbi järgmiselt: 94 ° C 3 minutit, millele järgnes viis 1-minutist tsüklit 94 ° C juures., 1 minut temperatuuril 60 ° C ja 3, 5 minutit temperatuuril 72 ° C ning seejärel 30 denatureerimise tsüklit temperatuuril 94 ° C 30 sekundit, lõõmutamine 55 ° C juures 30 sekundit ja pikendamine temperatuuril 72 ° C 3, 5 minutit, kasutades täiendavad 1 s pikendusetapis igas tsüklis ja viimane pikendusetapp 10 minutit temperatuuril 72 ° C. Teise ringi rattasõidu tingimused olid samad, mis ülal. PCR-tooted lõigati välja 1% agaroosgeelidest, mis sisaldasid etiidiumbromiidi (0, 5 g / ml) ja puhastati AxyPrep DNA geeli ekstraheerimise komplektiga (Axygene, Silicon Valley, USA) vastavalt tootja juhistele.

Fülogeneetiline analüüs ja järjestuste sarnasuse analüüs

Selles uuringus eraldatud äsja avastatud inimese anelloviiruse genoomi järjestus joondati ClustalW abil vaikesätetega ja joondatud järjestused kärbiti, et need vastaksid inimese antiloviiruse järjestustele, mis saadi inimese anelloviirustest, mis tuvastati ClustalW abil. Järjestuse analüüsid viidi läbi tarkvaraga MegAlign (DNAStar Inc., Madison, WI, USA). Fülogeneetiline puu konstrueeriti, kasutades naaberliitumismeetodit nukleotiidide p vahemaadega ja 1000 alglaadimiskorraga molekuli evolutsioonilise geneetika analüüsi programmis (MEGA, versioon 4.0, USA) ja sisestades ORF1 genoomi järjestuste joonduse 31 . Bootstrap-väärtused on näidatud igas hargnemispunktis. % Sarnasuse analüüs viidi läbi ka programmi MEGA abil.

Levimuse uurimine

300 kliinilisest proovist saadud DNA ekstraheeriti QIAamp DNA Mini komplektiga (QIAGEN, Dusseldorf, Saksamaa) vastavalt tootja juhistele. Pesastatud PCR-testid viidi läbi lõppmahuga 50 μl reaktsioonisegu, mis sisaldas 2 μl ekstraheeritud DNA-d kliinilisest proovist, 25 μl PrimerSTAR Max Premix ja 10 pmol praimereid. Pesastatud PCR-i parameetrid olid 3 minutit temperatuuril 94 ° C, millele järgnesid 30 sekundit temperatuuril 94 ° C, 30 sekundit temperatuuril 55 ° C ja 50 sekundit temperatuuril 72 ° C 35 tsüklit, lõpliku pikendusega 5 minutit temperatuuril 72 ° C. . Teise ringi jalgrattasõidu tingimused olid samad, nagu eespool kirjeldatud. Amplifikatsiooniproduktid lahutati elektroforeesi teel 1% agaroosgeelidel ja seejärel sekveneeriti. Arvutati uute anelloviirusepositiivsete subjektide tuvastamise sagedus (%).

Statistilised analüüsid

Kõik statistilised analüüsid viidi läbi tarkvara SPSS abil (ver. 20.0; IBM Corporation, Armonk, NY, USA), olulisuse tasemeks seati p <0, 05. Kirjeldav statistika (keskmised, standardhälbed ja protsendid) arvutati subjektide sotsiaaldemograafiliste tunnuste (sugu ja vanus) järgi. Viidi läbi Chi-ruudu ja Fisheri täpsed testid, et uurida erinevusi äsja avastatud viiruse levimuses ja ühes kliinilises indeksis (BOP) haigusjuhu rühma ja kontrollrühma vahel. Üliõpilaste t- teste kasutati muude kliiniliste indeksite (PD, GI, PLI ja CAL) erinevuste uurimiseks.

Lisainformatsioon

Kuidas seda artiklit tsiteerida : Zhang, Y. et al. Uus pöördemomendi tenoviiruse (TTMV) liik kroonilise periodontiidi patsientide igemekoes. Sci. Rep. 6, 26739; doi: 10.1038 / srep26739 (2016).

Täiendav teave

PDF-failid

  1. 1

    Täiendav teave

Kommentaarid

Kommentaari esitamisega nõustute järgima meie tingimusi ja kogukonna juhiseid. Kui leiate midagi kuritahtlikku või mis ei vasta meie tingimustele või juhistele, märkige see sobimatuks.