Meetodid (Aprill 2020)

Amplikonpürosekventide kiire ja täpne veaparandus Acacia abil

Amplikonpürosekventide kiire ja täpne veaparandus Acacia abil

Õppeained Bioinformaatika Mikroobide kooslused Järjestus Toimetajale: Mikroobide mitmekesisuse mõõdikud, mis põhinevad suure läbilaskevõimega amplikoni järjestamisel, on lugemisvigade tõttu kahjustatud. Roche 454 GS FLX titaanpürosekveneerimine on praegu kõige laialdasemalt kasutatav tehnoloogia amplikonipõhistes mikroobide kogukonna uuringutes, vaatamata kõrgetele homopolümeeridega seotud sisestamise ja kustutamise veamääradele 1, 2 . Praegu on kaks

Krüo-EM tiheduse kaartide kohaliku eraldusvõime kvantifitseerimine

Krüo-EM tiheduse kaartide kohaliku eraldusvõime kvantifitseerimine

Õppeained Krüoelektronmikroskoopia Pildi töötlemine Valgud Tarkvara Abstraktne Pakume välja kohaliku eraldusvõime määratluse kolmemõõtmelise elektronkrüo-mikroskoopia (krüo-EM) tiheduse kaartide jaoks, mis kasutavad kohalikke siinuse tunnuseid. Meie algoritmil pole vabu parameetreid ja see on rakendatav muude pildistamisviiside jaoks, sealhulgas tomograafia. Hinnates ü

Andmete visualiseerimine: mitmetähenduslikkus kaasreisijana

Andmete visualiseerimine: mitmetähenduslikkus kaasreisijana

Õppeained Bioinformaatika Arvutusbioloogia ja bioinformaatika Kindel olemine on hea; ebakindel olemine pole tingimata halb. Uurimisrühmad töötavad selle nimel, et ebakindlus oleks visuaalne. Peamine Katse andmed võivad tunduda tugevad. Täpsema uurimise käigus võivad andmed muutuda palju vähem kindlaks. Põlv-re

ProteomeBinders: afiinsusreaktiivide Euroopa ressursi kavandamine inimese proteoomi analüüsimiseks

ProteomeBinders: afiinsusreaktiivide Euroopa ressursi kavandamine inimese proteoomi analüüsimiseks

Selle artikli parandus avaldati 1. veebruaril 2007 Seda artiklit on värskendatud ProteomeBinders on uus Euroopa konsortsium, mille eesmärk on luua inimese proteoomi analüüsimiseks põhjalik ressurss hästi iseloomustatud afiinsusreaktiividega, sealhulgas, kuid mitte ainult, antikehadega. Arvestades proteoomi suurt mitmekesisust, on projekti ulatus potentsiaalselt tohutu, kuid üleeuroopalise või isegi ülemaailmse kooskõlastamise kontekstis siiski teostatav. MÄRKUS.

Addendum: amüloidi struktuuri järjestuse määrajate uurimine positsioonispetsiifiliste punktide maatriksite abil

Addendum: amüloidi struktuuri järjestuse määrajate uurimine positsioonispetsiifiliste punktide maatriksite abil

Õppeained Valkude agregatsioon Valkude sekveneerimine Proteome informaatika Algne artikkel avaldati 14. veebruaril 2010 Nat. Methods 7 , 237–242 (2010); avaldatud veebis 14. veebruar 2010; addendum avaldati pärast trükki 29. septembril 2010. Pärast meie töö avaldamist tuvastasime tabelis 1 vea meie programmi Waltz võrdlemisel programmi 3D profiiliga 1 (viide 25 meie artiklis); tsiteerisime paremas veerus algoritmi vale nime ja viite. See vig

Plasmiidid: ostlemine rohkel ajastul

Plasmiidid: ostlemine rohkel ajastul

Õppeained Tsütoloogilised tehnikad Funktsionaalne genoomika Päikesepatareid Tehnoloogia Plasmiidide haldamine, jagamine ja kvaliteedi kontrollimine võib olla lihtne. Paljud tehnikad nende levitamiseks ei ole aga ulatuslikud, mis tingib mittetulundusühingute ja ettevõtete uute võimaluste uurimise. Peami

Mida väiksem, seda parem

Mida väiksem, seda parem

Biolooge huvitab üha enam ühemolekuliline lähenemine. Selles numbris pakub Focus bioloogi juhendi selle suhteliselt uue valdkonna kohta ja kahes artiklis kirjeldatakse nanoskaala visualiseerimise edusamme. Selle artikli vaatamiseks ja kommentaaride saamiseks külastage metagorat . Võimalus analüüsida bioloogilisi süsteeme ühe molekuli tasemel avab uurimissuunad, mis pole molekulaarpopulatsioonide agregeeritud omadusi mõõtvate tehnikate abil võimalikud. See uus va

Parandus: Üksiku nukleotiidi variantide täpne tuvastamine täisgenoomi amplifitseeritud üksikrakkudes

Parandus: Üksiku nukleotiidi variantide täpne tuvastamine täisgenoomi amplifitseeritud üksikrakkudes

Algne artikkel ilmus 20. märtsil 2017 Nat. Methods 14 , 491–493 (2017); avaldatud veebis 20. märtsil 2017; parandatud pärast printimist 13. oktoober 2017 Selle artikli algselt avaldatud versioonis on Lodato, MA jt . Science 350 , 94–98 (2015) (viide 2) viidati kõrgete CG-TA-TA üleminekutega üherakulise järjestusuuringu näitena, mis rakendab soojuslüüsi. See töö kasu

Thermo Scientific tooted võimaldavad tipptasemel tüvirakkude kasutamist

Thermo Scientific tooted võimaldavad tipptasemel tüvirakkude kasutamist

Abstraktne Tüvirakkude tipptasemel termoteatav portfell sisaldab paljusid tooteid, mis on hädavajalikud tüvirakkude uurimiseks. Tüvirakkude tipptaseme portfellis olevad tooted, mida teadlased kasutavad tipptasemel rakenduste toetamiseks kogu maailmas, tagavad selle murrangulise uurimispiirkonna toetamiseks vajaliku täpsuse ja töökindluse. Siin

Mikroskoopia: läbi koe nägemine

Mikroskoopia: läbi koe nägemine

Õppeained Rakuline neuroteadus Fluorestsentskujutis Tehnoloogia Koeproovid hajutavad valgust ja sulgevad sügavama pilgu. Kudede puhastusvahendid on seda muutnud, kuid teadlased peavad nende meetodite kasutamisel kaaluma optika optimeerimist. Peamine Südameinfarktide põhjuste uurimiseks töötas Saksa anatoom Werner Spalteholz välja viisi, kuidas muuta südamekoe bensüülalkoholi ja metüülsalitsülaadi seguga läbipaistvaks. Ta näitas 19

Parandus: massiliselt paralleelne ühe aminohappe hape mutagenees

Parandus: massiliselt paralleelne ühe aminohappe hape mutagenees

Algne artikkel avaldati 5. jaanuaril 2015 Nat. Methods 12 , 203–206 (2015); avaldatud veebis 5. jaanuaril 2015; parandatud pärast printimist 10. aprillil 2017 Selle artikli algselt avaldatud versioonis oli dUTP kontsentratsiooni ühik (nM), mida on kirjeldatud veebimeetodite jaotises “Metsiktüüpi malli ettevalmistamine”, vale. Õige ühi

Arukalt kujundatud vastus

Arukalt kujundatud vastus

Üha sagedamini kutsutakse teadlasi arutama aruka disaini kui teadusliku teooria müüti. Selle artikli vaatamiseks ja kommentaaride saamiseks külastage metagorat . Veidi rohkem kui aasta enne Darwini sünniaasta kahekümne aasta möödumist on Darwini-vastane aktivism elav ja hea. Kõige salakavalam liikumine propageerib loodusliku valiku abil evolutsioonile alternatiivse teadusliku teooriana intelligentset disaini (ID) - arusaama, et looduse mõningaid tunnuseid saab kõige paremini selgitada aruka põhjusega. Kuulus koh

Mikrovedelikud: tapjarakenduse otsimine

Mikrovedelikud: tapjarakenduse otsimine

Ettevõtted ja akadeemilised teadlased töötavad välja üha rohkem mikrofluidiseadmeid. Kuid see, mida tehnoloogia sidusrühmad tegelikult soovivad, on rakendus, mis käivitab bioloogide poolt laialdaselt kasutusele võetud mikrovedelikud. Nathan Blow teatab. Mikrovedelike valdkond on nüüd kohas, kus otsitakse "tapjarakendust" või "tapjarakendust", nagu arvutiinimesed ütleksid. Viimase kü

Väikesed RNA-d: bioloogia vapper uus maailm

Väikesed RNA-d: bioloogia vapper uus maailm

RNA väikeste avastamiste ja profiilide koostamise jõupingutused muudavad dramaatiliselt geenide reguleerimise põhimõtteid ja viivad geenifunktsioonide uurimiseks uute tööriistadeni. Kaheahelalise RNA võimet geene vaigistada kirjeldati esmakordselt Caenorhabditis elegans'is 1998. aastal - avastus, mis teeniks Andrew Fire ja Craig Mello 2006. aasta

Vähi genoomi käsitlevate andmete uurimine

Vähi genoomi käsitlevate andmete uurimine

Õppeained Bioinformaatika Vähi genoomika Sillutades teid andmemägede kaudu, arendavad konsortsiumid töövooge ja tööriistu laialdaseks kasutamiseks. Peamine Vähigeneetik Matthew Meyerson, kes on Dana-Farberi vähiinstituudis ning MIT-i ja MIT-i laialdases instituudis ja Harvardis, jälgib paljuski seda, kuidas kasvajad tekitavad korrapärastes rakkudes kaose. Ta soovib

Kiire, suure jõudlusega raamatukogu ettevalmistamine järgmise põlvkonna järjestamiseks

Kiire, suure jõudlusega raamatukogu ettevalmistamine järgmise põlvkonna järjestamiseks

Õppeained Keemilised raamatukogud Järgmise põlvkonna järjestamine Abstraktne Uue põlvkonna sekveneerimise edusammud on viinud uute raamatukogu ettevalmistamise meetoditeni, mis ühilduvad mitme sekveneerimise platvormiga. Praegused meetodid (nii mehaanilised kui ka ensümaatilised) seisavad silmitsi piirangutega: mitmeastmelised protokollid, proovi kadu, automatiseerituse puudumine ja tööjõukulud. Järjestu

Mikrobioloogia: PCR-i kallutatuse parimate võimaluste kasutamine

Mikrobioloogia: PCR-i kallutatuse parimate võimaluste kasutamine

Õppeained Metagenoomika Mikrobiome PCR-põhised tehnikad Paljud tegurid võivad mikrobiomeide analüüsimisel laialt kasutatava võimendamismeetodi tulemusi moonutada, kuid teadlased leiavad strateegiaid tõele jõudmiseks. Peamine Kujutage ette, et hoiate kinni mikroobidega indekseerivast viaalist vett - ja see on hea asi, sest te viite läbi järve lugematu hulga mikroskoopiliste elanike loendusi, kust te selle vee saite. Kuid kui

Väike hingamisteede peal olev kiip võimaldab analüüsida inimese kopsupõletikku ja ravivastusi in vitro

Väike hingamisteede peal olev kiip võimaldab analüüsida inimese kopsupõletikku ja ravivastusi in vitro

Õppeained Tsütokiinid Lab-on-a-chip Hingamine Translatiivsed uuringud Abstraktne Siin kirjeldame inimese kopsu "väikest hingamisteede-kiibil" arengut, mis sisaldab diferentseeritud, mukotsiliaarset bronhiolaarset epiteeli ja selle all olevat mikrovaskulaarset endoteeli, mis kogeb vedeliku voolavust, mis võimaldab elunditasemel kopsu patofüsioloogiat analüüsida in vitro . Epite

Reprodutseeritavuse mõõt

Reprodutseeritavuse mõõt

Õppeained Bioloogilised tehnikad Uurimisandmed Bioloogiliste uurimismeetodite tulemuslikkuse selge idee - nii tugevused kui ka piirid - on kriitiline usaldusväärsete andmete saamiseks, mida teised suudavad reprodutseerida. Teadusprotsessi toetava aluspõhja hulka kuulub ka võimalus teadlaste tööd korrata ja sellele tugineda või ideid kohandada, kui andmed viitavad teisiti. Kuid a

Kus andmed on?

Kus andmed on?

Õppeained Kirjastamine Loodusmeetodid nõuavad nüüd andmete kättesaadavust käsitlevaid avaldusi koos teadustöödega. Kuna teadusringkonnad omavad andmete jagamist, saavad akadeemilised ajakirjad anda oma panuse. Alates sellest kuust peavad kõik looduse , looduse meetodite ja veel 11 looduse pealkirjas avaldamiseks vastuvõetud teadustööd sisaldama teavet selle kohta, kas ja kuidas saavad lugejad alusandmetele juurde pääseda. Nendes avald

Mõttetu proteoomi märgistamine in vivo

Mõttetu proteoomi märgistamine in vivo

Õppeained Proteome Proteomiline analüüs Proteoomika Alvarez-Castelao, B. jt . Nat. Biotehnika. 35 , 1196–1201 (2017). Äsja sünteesitud valkude märgistamise meetodid võimaldavad teadlastel kaladest valke identifitseerida, kasutades selliseid meetodeid nagu massispektromeetria. Mutantse metionüül-tRNA süntetaasi (MetRS) süsteem võimaldab metioniini tRNA-l laadida mittelooduslikku aminohappe analoogi asidonorleutsiini, mis sisaldab bioorthogonalist fragmenti, mille saab märgistada klõpskeemia abil puhastuskäepidemega. Kombineerides s

Parandus: genotüübi-fenotüübi suhete võrdlev visualiseerimine

Parandus: genotüübi-fenotüübi suhete võrdlev visualiseerimine

Algne artikkel avaldati 30. juulil 2015 Nat. Methods 12 , 698–699 (2015); avaldatud veebis 30. juulil 2015; parandatud pärast printimist 24. septembril 2015 Selle artikli algselt avaldatud versioonis jäeti rahastamisallikas ära. Autorid tunnustavad meditsiiniliste uuringute nõukogu (programm MC_U142684171) täiendavat rahastamist. Viga

DNA ja RNA säilitamine kuivas olekus toatemperatuuril

DNA ja RNA säilitamine kuivas olekus toatemperatuuril

Abstraktne Vesi lühendab DNA säilivusaega. Bioproovide terviklikkus on niiskes keskkonnas säilitatavate proovide puhul küsitav, kuna püsiv oht on hüdrolüüsida isegi madalal temperatuuril. GenVault on välja töötanud tootekomplekti, mis sisaldab GenPlates ™, GenSolve ™, GenTegra ™ Tubes ja GenConnect ™ biosäidiste hoidmiseks ja haldamiseks kuivas ja toatemperatuuril (25 ° C). GenVault nihutab bi

Mass-spektromeetria: järelejõudmise mängimine

Mass-spektromeetria: järelejõudmise mängimine

Massispektromeetria on funktsionaalse proteoomika uuringute esirinnas kui kunagi varem. Tehnoloogia on jõudnud kaugele, kuid mida hoiab tulevik käes? Nathan Blow saab võtmearendajatelt vaatenurki, ennustusi ja soove. „See, mida oleme näinud viimasel kümnendil, oli peamiselt olemasolevate tehnoloogiate täiustamine, “ ütleb Franz Hillenkamp Munsteri ülikoolist. John Yates

Väljaannete töötlemata juhend

Väljaannete töötlemata juhend

Käsikirja esitamine või uuesti esitamine - mõned olulised sammud ja otsused. Selle artikli vaatamiseks ja kommentaaride saamiseks külastage metagorat . Avaldamise tee on mõne teadlase jaoks hästi pekstud, kuid tundub pigem pimeda, märgistamata tee teistele. See aitab teada saada, mida eeldada vastastikuse eksperdihinnangu saamist (vt meie 2006. aasta

Bioloogide massispektromeetria

Bioloogide massispektromeetria

Õppeained Massispektromeetria Proteoomika Mass-spektromeetrial põhinev proteoomika laieneb endiselt kiiresti, seda mitte ainult meetodite ja vahendite osas, vaid ka bioloogiliste küsimuste osas. Carol Robinson kasutas massispektromeetrit teismelisena esimest korda 1970. aastate alguses. Ta mäletab kõrgeid pingeid, ohte ja põnevust. “Või

Variatsiooniallikad

Variatsiooniallikad

Õppeained Uurimisandmed Statistilised meetodid Abstraktne Järelduste üldistamiseks üldkogumi jaoks peame valima selle variatsiooni. Peamine Varieeruvus on katsetes vältimatu nii bioloogiliste kui ka tehniliste mõjude tõttu. Kui tulemuste sisemise kehtivuse parandamiseks tuleks tehnilist varieeruvust rangelt kontrollida, tuleb säilitada teatavad bioloogilise varieeruvuse tüübid, et tulemusi saaks üldistada huvipakkuvale elanikkonnale. Eksperime

Humaniseeritud fenotüüpse skriinimisplatvorm kroonilise valu raviks

Humaniseeritud fenotüüpse skriinimisplatvorm kroonilise valu raviks

Õppeained Krooniline valu Fenotüüpse sõelumine Abstraktne Censo Biotechnologies ja Cellectricon on ühendanud jõud, et töötada välja esimene mitterahaline humaniseeritud ravimite avastamise platvorm, mis oleks suunatud kroonilisele valule. Platvorm põhineb inimese indutseeritud pluripotentsetel tüvirakkudest saadud neuronitel koos Cellectriconi Cellaxess ® Elektra skriiningusüsteemiga. Väga funkts

Struktuurigenoomika tähelepanu keskpunktis

Struktuurigenoomika tähelepanu keskpunktis

Struktuurigenoomikaalane jõupingutus on ajendanud uute meetodite ja tehnoloogiate jätkuvat arendamist, millest on kasu laiale kogukonnale. Selle artikli vaatamiseks ja kommentaaride saamiseks külastage metagorat . Üks paljudest genoomiprojektidest alguse saanud uurimisvaldkondadest on struktuurigenoomika ehk valdkond, mida tuntakse kolmemõõtmeliste valgustruktuuride lahendamise nimel. Prae

Erratum: kogu keha immunoPET näitab aktiivset SIV-dünaamikat vireemiliste ja retroviirustevastase raviga ravitud makaakides

Erratum: kogu keha immunoPET näitab aktiivset SIV-dünaamikat vireemiliste ja retroviirustevastase raviga ravitud makaakides

Algne artikkel avaldati 09. märtsil 2015 Nat. Methods 12 , 427–432 (2015); avaldatud veebis 9. märtsil 2015; parandatud pärast printimist 11. juunil 2015 Selle artikli algselt avaldatud versioonis oli Emmeline L. Blanchardi eesnimi valesti kirjutatud kui Emeline. Viga on parandatud artikli HTML- ja PDF-versioonides. Aut

Akadeemiline sõelumine on suure läbilaskevõimega

Akadeemiline sõelumine on suure läbilaskevõimega

Õppeained Äri ja tööstus Suure läbilaskevõimega sõelumine Teadusringkonnad Tõhusate ekraanide loomine nõuab aega, skeptitsismi ja mõistlikku kompromissi. Akadeemiliste sõelumiskeskuste teadlased loovad katseid projektidele, mida suured farmaatsiaettevõtted ei soovi puudutada. Tõuke näiteks Šotimaal Dundee ülikooli sõelumiskeskusele tulid teadlastelt, kes avastasid paljulubavad narkootikumide sihtmärgid, kuid ei suutnud end äripartneritest huvitada arenguriikide parasiitnakkuste raviprogrammide vastu. Kui tööstusteadla

Tahkete osakeste jälgimismeetodite objektiivne võrdlus

Tahkete osakeste jälgimismeetodite objektiivne võrdlus

Õppeained Fluorestsentskujutis Pildi töötlemine Mikroskoopia Abstraktne Osakeste jälgimine on rakusiseste dünaamiliste protsesside kvantitatiivse analüüsi jaoks võtmetähtsusega aeg-mikroskoopiaga saadava pildi andmete põhjal. Kuna üksikute osakeste käsitsi tuvastamine ja jälgimine ei ole teostatav, on paljud rühmad nende ülesannete jaoks välja töötanud automatiseeritud arvutusmeetodid. Meetodite objekt

Proovijaotused ja alglaadimine

Proovijaotused ja alglaadimine

Õppeained Uurimisandmed Abstraktne Alglaadimist saab kasutada valimi hinnangute määramatuse hindamiseks. Peamine Oleme varem arutanud mõõtemääramatuse hindamise ja selle andmete analüüsisse kaasamise olulisuse üle 1 . Et teada saada, mil määral saame oma tähelepanekuid üldistada, peame teadma, kuidas meie hinnang varieerub valimis ja kas see on kallutatud (tegelikku väärtust süstemaatiliselt üle- või alahindades). Kahjuks võib hinn

Nii et kirjutate paberit

Nii et kirjutate paberit

Õppeained Kirjastamine Selge, täpse ja veenva teadustöö kirjutamine on nii kunst kui ka oskus. See on üks meisterdamist väärt asi. Seitsmeteistkümnendal sajandil, kaasaegse eksperimentaalteaduse ajaloo alguses, levitati avastusi tavaliselt ainult valitud rühmas (S. Shapin, A Truth Social History , Univ. Chicago

HUPO testproovi uuring paljastab massispektromeetrial põhineva proteoomika üldised probleemid

HUPO testproovi uuring paljastab massispektromeetrial põhineva proteoomika üldised probleemid

Selle artikli parandus avaldati 1. juulil 2009 Seda artiklit on värskendatud Abstraktne Tegime katseproovi uuringu, et proovida tuvastada veakromatograafias - massispektromeetril põhinevas proteoomikas reprodutseerimatust põhjustavaid vigu, sealhulgas peptiidide proovide võtmise ebatäpsust. Jagasime 27 laborisse ekvimolaarset testproovi, mis sisaldas 20 kõrgelt puhastatud rekombinantset inimese valku. Iga

Sõelumine: kalade vanus

Sõelumine: kalade vanus

Õppeained Kujutised Mikrovedelikud Sõelumine Sebrakala Mikrofluidika ja pildinduse edusammud koos mõnede kõrgetasemeliste uuringutega suurendavad huvi kogu organismi sõeluuringute vastu. Randall Peterson ei astunud kooli lõpetanud kooli, kus plaaniti töötada sebrakaladega. Selle asemel püüdis ta mõista, kuidas immunosupressiivne ravim rapamütsiin interakteerub mTOR-iga, selle imetaja valgu sihtmärgiga, mis nüüd teadaolevalt integreerib raku signalisatsiooni radu, mis kontrollivad kõike alates raku motiilsusest kuni valkude sünteesini. Kuude jooksul e

Parandus: kolmanda astme struktuuri kasutamine läbi kohalike voldide kristallograafiliseks faasimiseks

Parandus: kolmanda astme struktuuri kasutamine läbi kohalike voldide kristallograafiliseks faasimiseks

Algne artikkel ilmus 15. septembril 2013 Nat. Methods 10 , 1099–1101 (2013); avaldatud veebis 15. septembril 2013; parandatud pärast printimist 5. mail 2014 Selle artikli algselt avaldatud versioonis ei tunnistanud autorid kõiki inimesi, kes olid seotud AF fulmoiduse AF1503 kristallograafilise andmestiku genereerimisega. Ne

AlphaLISA immuuntestid: pesemisvaba alternatiiv ELISA-dele teadusuuringuteks ja ravimite avastamiseks

AlphaLISA immuuntestid: pesemisvaba alternatiiv ELISA-dele teadusuuringuteks ja ravimite avastamiseks

Abstraktne PerkinElmeri helmestel põhinevad AlphaLISA ® immuuntestid on ette nähtud analüütide tuvastamiseks bioloogilistes proovides. Need kemoluminestseeruvad pesemisvabad testid sobivad ideaalselt miniaturiseerimiseks ja automatiseerimiseks. Neil on märkimisväärne tundlikkus, lai dünaamiline ulatus ja tugev jõudlus, mis on eelistatavalt võrreldavad tavapärase ensüümiga seotud immunosorbentanalüüsiga (ELISA). Peamine ELISA

Valguinsener: navigeerimine juhuse ja põhjuse vahel

Valguinsener: navigeerimine juhuse ja põhjuse vahel

Õppeained Keemilised raamatukogud Valguehitus Teadlased kasutavad kasulike valkude kujundamiseks suuri raamatukogusid, fookustatud raamatukogusid ja ratsionaalset disaini. Valguehitust on kasutatud antikeharavimite, väga eredate fluorestsentsvalkude ja ensüümide loomiseks, mis vähendavad mürgiseid jäätmeid. Genent

Optimeeritud raamatukogu ettevalmistamise meetod järgmise põlvkonna järjestamiseks

Optimeeritud raamatukogu ettevalmistamise meetod järgmise põlvkonna järjestamiseks

Abstraktne Järgmise põlvkonna sekveneerimise tulek on teinud võimalikuks genoomi analüüsi varem kättesaamatu sügavusega. Roche, Illumina ja Life Technologies on muu hulgas välja töötanud hästitoimivad platvormid sügava sekveneerimise jaoks. Olenemata seadmest, on järgmise põlvkonna järjestamise üheks kitsaskohaks malli ja raamatukogu ettevalmistamiseks vajalik aeg ja ressursid. Siin kirjeldam

Metagenome interpreteerimise kriitiline hindamine - metagenoomika tarkvara etalon

Metagenome interpreteerimise kriitiline hindamine - metagenoomika tarkvara etalon

Õppeained Klassifikatsioon ja taksonoomia Arvutusbioloogia ja bioinformaatika Metagenoomika Abstraktne Koostamismeetodid, taksonoomiline profiilide koostamine ja kokkulangemine on metagenoomi andmete tõlgendamisel võtmetähtsusega, kuid jõudluse hindamist raskendab üksmeele puudumine võrdlusuuringute osas. Metag

Erratum: valkude struktuurilise dünaamika jälgimine lahuses, kasutades ajaliselt lahendatud lainurk-röntgenikiirgust

Erratum: valkude struktuurilise dünaamika jälgimine lahuses, kasutades ajaliselt lahendatud lainurk-röntgenikiirgust

Algne artikkel avaldati 21. septembril 2008 Nat. Methods 5 , 881–886 (2008); avaldatud veebis 21. septembril 2008; parandatud pärast printimist 29. septembril 2008. Selle artikli algselt avaldatud versioonis on joonise 2d legendis esitatud ajakava vale. Õige ajakava peaks olema 3 μs. Lisaks on joonisel 5b esitatud viivitus 320 ms vale. Õig

Tüvirakud: haigusmudelid, mis näitavad ja räägivad

Tüvirakud: haigusmudelid, mis näitavad ja räägivad

Õppeained Rakukultuur Geeni sihtimine Indutseeritud pluripotentsed tüvirakud Reporteri geenid Teadusringkonnad Tüvirakud Abstraktne Geeni redigeerimise tehnikate kombineerimine indutseeritud pluripotentsete tüvirakkudega on nii võimas kui ka keeruline. Peamine Rakud nägid ilusad välja - ja see oli halb uudis, tuletab meelde Clive Svendsen, tüvirakkude uurija ja neurobioloog Cedars-Sinai meditsiinikeskuses. Ta töö

Keskenduge aju kaardistamisele

Keskenduge aju kaardistamisele

Õppeained Kujutised Neuroteadus Funktsionaalse ühenduvuse visualiseerimine inimese ajukoores magnetresonantstomograafia andmete põhjal. Ajukujundus: Joachim Böttger ja Daniel Margulies (Max Plancki Inimese Kognitiivsete ja Aju Teaduste Instituut, Leipzig, Saksamaa) koos Tobias S. Hoffmanni komponeerimise abiga. Ka

Kromatiini bioloogia massispektromeetria

Kromatiini bioloogia massispektromeetria

Õppeained Kromatiin Histooni analüüs Massispektromeetria Uute histoonimärkide ja interaktsioonide avastamiseks pöörduvad teadlased proteoomika keerukate instrumentide poole. Peamine Uurijad, kes kavatsevad ühe koodi otsida, võivad teise tähelepanuta jätta. Nii et päevil, mil arvati, et ainult DNA järjestus hoiab kõiki raku saladusi, lükati histoone - DNA keerduvaid valgutuumasid - pelgalt passiivse pakkematerjalina. Nüüd uuritak

Järgides juhtmeid

Järgides juhtmeid

Selle artikli tõend avaldati 01. jaanuaril 2008 Teadlased võisid lõpuks välja töötada tehnika, mille abil rekonstrueerida inimaju närviskeemi täielikud ühendusskeemid. Nathan Blow teatab. 1880. aastatel hakkas Santiago Ramón y Cajal uurima inimese aju struktuuri rakutasandil. Rohkem kui 100 aastat hiljem on meie arusaam inimese aju struktuurist ja rakulisest ühendusest parimal juhul endiselt algeline. “See aju

Teadlane ja nutitelefon

Teadlane ja nutitelefon

Õppeained Matemaatika ja informaatika Mobiilsed andmetöötlusplatvormid, näiteks iPhone, on hakanud laborisse tungima - tõsine väljavaade või muinasjutt? Selle artikli vaatamiseks ja kommentaaride saamiseks külastage metagorat . Kunagi kasutati telefone eranditult teiste inimestega vestlemiseks ja arvutid käitasid tarkvararakendusi. Arvutis

De novo genoomi assamblee: mida peaks teadma iga bioloog

De novo genoomi assamblee: mida peaks teadma iga bioloog

Õppeained Bioinformaatika Geenivaramu algoritmid Kuna rohkem genoome on nullist kokku pandud, näevad teadlased vaeva, et nende kvaliteeti hinnata ja parandada. Peamine Küsimusele, kui küps on genoomi kokkupanemise valdkond, võrdleb Ian Korf Davise California ülikoolist seda suurte võimetega teismelisena. "

Parandus: lagunenud või vähese sisendiga proovide RNA järjestamismeetodite võrdlev analüüs

Parandus: lagunenud või vähese sisendiga proovide RNA järjestamismeetodite võrdlev analüüs

Õppeained RNA järjestamine Transkriptoomika Algne artikkel ilmus 19. mail 2013 Nat. Methods 10 , 623–629 (2013); avaldatud veebis 19. mail 2013; parandatud pärast 2. detsembrit 2013 Selle artikli algselt avaldatud veebiversioonide “RNase H libraries” jaotises avaldatud versiooni lause, mis algab sõnadega “Me lisasime 5 μl eelsoojendatud RNase H ....”, oleks

Neuroteaduste tööriistad: aju ülevaade

Neuroteaduste tööriistad: aju ülevaade

Kahes Bostonis asuvas neuroteaduste keskuses töötavad teadlased uute pilditöötlusvahendite ja tehnoloogia väljatöötamiseks, lootuses avastada aju toimimise saladused. Nädala jooksul reisib Harvardi ülikooli neuroteadlane Randy Buckner mitu korda oma kahe Bostoni piirkonna kontori vahel, üks Charlestowi biomeditsiiniliste kujutiste tegemise keskuses Martinos ja teine ​​üle jõe Cambridge'is Harvardi ülikooli ülikoolilinnas. Martinose keskus

Tõmbamine: ootamatud mutatsioonid pärast CRISPR-Cas9 muutmist in vivo

Tõmbamine: ootamatud mutatsioonid pärast CRISPR-Cas9 muutmist in vivo

Algne artikkel ilmus 30. mail 2017 Nat. Methods 14 , 547–548 (2017); avaldatud veebis 30. mail 2017; värskendatud veebis 14. juunil 2017; parandatud veebis 25. juulil 2017; tagasi tõmmatud 30. märtsil 2018 See paber on tagasi tõmmatud, kuna genoomseid variante, mida autorid täheldasid kahes CRISPR-iga ravitud hiires, ei saa lõplikult omistada CRISPR-Cas9-le. Paber

Mitteparameetrilised testid

Mitteparameetrilised testid

Õppeained Uurimisandmed Statistilised meetodid Selle artikli parandus avaldati 27. juunil 2014 Seda artiklit on värskendatud Mitteparameetrilised testid võrdlevad viltu või järjestatud andmeid kindlalt. Oleme näinud, et t- test on normaalsuse ja ekvivalentsuse 1 eelduste osas kindel ja seega laialt kasutatav. On v

Järgmise põlvkonna afiinsusreaktiivide kutsumine

Järgmise põlvkonna afiinsusreaktiivide kutsumine

Õppeained Antikehade genereerimine Keemilised tööriistad Lab elu Tehnoloogia Antikehade täiendusena kutsuvad uued valkude sihtmärgiks olevad reagendid laias laastus eksperimente. Peamine Kui ainult selliseid reagente nagu antikehad oleks lihtne valmistada, stabiilne aastaid, mitmekülgne, taastuv ja odav ning need võimaldaksid teadlastel valkude hindeid korraga küsida. Need v

Proovide võrdlus - I osa

Proovide võrdlus - I osa

Õppeained Kirjastamine Uurimisandmed Statistilised meetodid Sõltumatute või seotud proovide paaride tugev võrdlemine nõuab erinevaid lähenemisviise t- testile. Kõige tavalisemate katsetüüpide hulgas on võrdlevad uuringud, mis annavad tulemuste kontrastsuse erinevates tingimustes, näiteks mees või naine, platseebo või ravim või enne või pärast ravi. Nende katsete

Klastrid

Klastrid

Õppeained Andmete kaevandamine Andmetöötlus Klasterdamine leiab andmetes mustrid - olgu need siis olemas või mitte. Paljud bioloogilised analüüsid hõlmavad proovide või muutujate jaotamist klastriteks sarnasuse või selle vastupidise vahemaa alusel. Näiteks võiksime geeniekspressiooniuuringus otsida sarnase ekspressiooniga patsientide alarühmi või kasutada täiendavat lähenemisviisi ja tuvastada patsientide sarnaselt ekspresseeritud geenid. Klasterdamine

SENSOLUX® iseseisev versioon: pH ja DO mitteinvasiivne määramine loksutuskolbides

SENSOLUX® iseseisev versioon: pH ja DO mitteinvasiivne määramine loksutuskolbides

Abstraktne Kasvu kineetiliste parameetrite määramine protsessi varajases arengus on ülioluline. Mida rohkem saadakse teavet, seda rohkem saab optimeerimisstrateegiaid rakendada väga produktiivsete rakuliinide genereerimiseks. Uus SENSOLUX ® tehnoloogia võimaldab optiliselt ja mitteinvasiivselt mõõta pH-d ja lahustunud hapniku küllastust raputuskolbides. See teh

Hea kohtunik

Hea kohtunik

Õppeained Bioloogilised tehnikad Kirjastamine Kohtunikud pakuvad teaduse edendamisel hindamatut teenust. Pakume toitu mõtlemiseks, kuidas tõhusamalt koostada vastastikuse eksperdihinnangu meetodeid. Kohtunikuna teate, et kellegi teise töö hindamine ei ole lihtne ning võtab palju aega ja hoolt. Autorina olete tõenäoliselt näinud, et kohtunike ettekannete kvaliteet võib metsikult erineda. Toimetaj

Kvantitatiivne kujutistsütomeetria: valitud instrumendid raku ja koe automatiseeritud analüüsiks

Kvantitatiivne kujutistsütomeetria: valitud instrumendid raku ja koe automatiseeritud analüüsiks

Õppeained Rakupildistamine Voolutsütomeetria Abstraktne Laserskaneerimise tsütomeetria (LSC) on valitud tehnoloogia heterogeensete raku- ja koeproovide automatiseeritud, kvantitatiivse, suure sisaldusega ja suure läbilaskevõimega analüüside jaoks. LSC täiendab voolutsütomeetriat, võimaldades analüüsida tahketele substraatidele kinnitatud proove, näiteks kleepuvaid rakke ja koeproove. See täienda