Tund ajakiri (Märts 2020)

Pseudomonas fluorescens Pf0-1 transkriptsioonilised ja antagonistlikud vastused fülogeneetiliselt erinevatele bakterikonkurentidele

Pseudomonas fluorescens Pf0-1 transkriptsioonilised ja antagonistlikud vastused fülogeneetiliselt erinevatele bakterikonkurentidele

Õppeained Bakterid Kogukonna ökoloogia Geeniekspressioon Mikroobide ökoloogia Abstraktne Mullabakterite võime konkureerida edukalt paljude teiste mikroobsete liikidega on ülioluline nende kasvu ja ellujäämise tagamiseks toitainetega piiratud mullakeskkonnas. Käesolevas töös uurisime toitainetevaesel agaril pinnases elava Pseudomonas fluorescens tüve Pf0-1 käitumist ja transkriptsioonilisi vastuseid vastandumisele kolme fülogeneetiliselt erineva bakteri perekonna, st Bacilluse , Brevundimonase ja Pedobacteri tüvedega . Konkurents t

Autonoomselt kogutud ja säilinud merebakteroplanktoni metatranskriptoomiline analüüs

Autonoomselt kogutud ja säilinud merebakteroplanktoni metatranskriptoomiline analüüs

Õppeained Geeniekspressioon Mikroobide biookeanograafia Transkriptoomika Abstraktne Planktoniliste mikroobide aktiivsus ja kogukonna struktuur on dünaamiline ning võib tundide või päevade skaaladel dramaatiliselt muutuda. Logistilistel põhjustel võetakse sellest ajalisest skaalast merekeskkonnas tavaliselt vähe proove. Mikroo

Mikroobsete koosluste koostis setetes takistab toitainete rikastamist

Mikroobsete koosluste koostis setetes takistab toitainete rikastamist

Õppeained Bioloogiline mitmekesisus Biogeokeemia Ökosüsteemi ökoloogia Mikroobide ökoloogia Abstraktne Bakterikogukondade funktsionaalne liiasus peaks eeldatavalt võimaldama mikroobikooslustel häirimist üle elada, võimaldades funktsioonide jätkumist hoolimata koosluste koostise muutustest. Värskeimad andmed näitavad siiski, et mikroobide kooslused muudavad häirete tagajärjel nii koostist kui ka funktsiooni. Esitame tõen

Proovide töötlemise mõju genoomi taastumisele üherakulise genoomika kaudu

Proovide töötlemise mõju genoomi taastumisele üherakulise genoomika kaudu

Õppeained Bakteriaalne genoomika Metagenoomika Abstraktne Üherakuline genoomika on võimas vahend viljelemata mikroorganismide geneetilisele teabele juurdepääsuks. Proovide käitlemise meetodid enne üherakulist genoomset amplifikatsiooni võivad mõjutada saadud genoomide kvaliteeti. Kolme bakteritüve abil näitame, et võrreldes külmsäilitamisega taastuvad madalama kvaliteediga üherakulised genoomid, kui proovi säilitatakse etanoolis või kui proov läbib fluorestsentsi in situ hübridiseerimisel, samal ajal kui proovi säilitamine paraformaldehüüdis muudab selle sekveneerimiseks täiesti sobimatuks. Pea

Viirused kogunevad seente metsa patogeeni vananevatesse nakkuskeskustesse

Viirused kogunevad seente metsa patogeeni vananevatesse nakkuskeskustesse

Õppeained Mikroobide ökoloogia Selle artikli parandus avaldati 20. jaanuaril 2015 Seda artiklit on värskendatud Abstraktne Arvatakse, et RNA genoomidega seeneviirustel (mükoviirustel) puuduvad rakuvälised nakkavad osakesed. Need viirused levivad seente tüvede kaudu külgsuunas mütseeli anastomooside kaudu või vertikaalselt nende nakatunud eoste kaudu, kuid nende levimuse ja looduslikes tingimustes levimise viiside kohta on vähe teada. Siin uur

Tintinniidide (merelised planktonilised protistid) liigirikkad koosseisud on üles ehitatud suu suuruse järgi

Tintinniidide (merelised planktonilised protistid) liigirikkad koosseisud on üles ehitatud suu suuruse järgi

Õppeained Bioloogiline mitmekesisus Mikroobide ökoloogia Taksonoomia Abstraktne Paljud mere planktonis sisalduvad mikroobsed taksonid tunduvad liigirikkuses ülialastunud olevat. Anname siin osalise seletuse, analüüsides liikide organiseerumist, liikide pakkimist nii taksonoomia kui ka morfoloogia osas. Kes

Ühendus pinnaga määrab Fennoskandia kaitsekilbi aluspinna põhjaveekihtide mitmekesisusmustrid

Ühendus pinnaga määrab Fennoskandia kaitsekilbi aluspinna põhjaveekihtide mitmekesisusmustrid

Õppeained Mikroobide kooslused Ökoloogilised võrgustikud Mikroobide ökoloogia Algne artikkel ilmus 29. märtsil 2016 Parandus: ISME Teataja (2016) 10, XX – XX; doi: 10.1038 / ismej.2016.36 Veebis värskendatud 9. juuni 2016: see artikkel avaldati algselt NPG avaldamise litsentsi all, kuid nüüd on see tehtud kättesaadavaks CC BY-NC-ND 4.0 litsents

Näriliste verest ja nende kirbuvektoritest pärinevad bakterikommuunide sarnasused ja hooajalised erinevused

Näriliste verest ja nende kirbuvektoritest pärinevad bakterikommuunide sarnasused ja hooajalised erinevused

Õppeained Kogukonna ökoloogia Abstraktne Vektorkandjate kaudu levivate mikroobide suhtes kehtivad kahe eraldiseisva mikrokeskkonna ökoloogilised piirangud: lülijalgsete vektoris ja selgroogse peremehe veres. Kuna nendes kahes mikrokeskkonnas esinevad bakterikommuunide struktuurid võivad oluliselt mõjutada vektorite kaudu levivate mikroobide arvukust, on oluline mõista mõlema mikrokeskkonna bakterikommuunide ja neid kujundavate tegurite suhet. Kasuta

Kõrgkõrgusega pelaagiliste bakterite fenoloogia: meteoroloogilise varieeruvuse, valglasisendi ja termilise kihistumise roll kogukondade struktureerimisel

Kõrgkõrgusega pelaagiliste bakterite fenoloogia: meteoroloogilise varieeruvuse, valglasisendi ja termilise kihistumise roll kogukondade struktureerimisel

Abstraktne Paljudel eukarüootilistel kooslustel on liikide koosseisus ennustatav hooajalisus, kuid selliseid fenoloogilisi mustreid ei ole bakterikommuunides piisavalt dokumenteeritud. Selles uuringus kvantifitseeriti California Sierra Nevada kõrgmäestiku järve bakterioplanktoni kogukonna koostise hooajalised erinevused 3-aastase perioodi 2004–2006 jooksul. Bakt

Valguse indutseeritud transkriptsioonivastused, mis on seotud proteorhodopsiini võimendatud kasvuga mere flavobakteriumis

Valguse indutseeritud transkriptsioonivastused, mis on seotud proteorhodopsiini võimendatud kasvuga mere flavobakteriumis

Õppeained Mikroobide biookeanograafia Mikroobide ökoloogia Fotobioloogia Transkriptoomika Abstraktne Proteorhodopsin (PR) on fotoproteiin, mis toimib valguse juhitavaks prootonpumbaks mitmekesistes merebakterites ja Archaeas. Värskeimad uuringud on näidanud, et PR võib mõnedes flavobakterites suurendada nii kasvukiirust kui ka saagikust, kui neid kasvatatakse valguse tingimustes toitaineid piiravates tingimustes. PR o

Korallid levitavad baktereid kui potentsiaalset mehhanismi orgaaniliste ainete rikastamiseks

Korallid levitavad baktereid kui potentsiaalset mehhanismi orgaaniliste ainete rikastamiseks

Abstraktne Korallrifide vastupidavuse mehhanismide mõistmine inimtekkeliste stressitekitajate vastu on kriitiline samm nende praeguse ülemaailmse languse leevendamiseks. Korallide ja bakterite assotsiatsioonid on riffide tervise ja haiguste jaoks üliolulised, kuid nende koosmõjude otsesed vaatlused jäävad suuresti uurimata. Siin

Mere pinnase setetes mikroobse elu eristav avastamine ja loendamine

Mere pinnase setetes mikroobse elu eristav avastamine ja loendamine

Abstraktne Looduskeskkonnas mikroobse elu tuvastamine ja loendamine pakuvad põhjalikku teavet Maa biosfääri ulatuse kohta. Mikroobsete rakkude arvukust setteelupaikades on aga juba pikka aega olnud keeruline hinnata, kuna fluorestsentsvärvi mittespetsiifiline sidumine ja / või setteosakestest pärinev auto-fluorestsents takistab tugevalt rakkudest pärinevate signaalide äratundmist. Siin o

Mikroorganismid püsivad rekordiliste sügavustega Canterbury vesikonna aluspõrandas

Mikroorganismid püsivad rekordiliste sügavustega Canterbury vesikonna aluspõrandas

Õppeained Biookeanograafia Mikroobide ökoloogia Algne artikkel avaldati 16. jaanuaril 2014 Parandus: ISME Teataja (2014) 8 , 1370–1380; doi: 10.1038 / ismej.2013.250; avaldatud veebis 16. jaanuaril 2014 Pärast selle artikli avaldamist on autorite tähelepanu all olnud, et artiklist jäeti välja järjekordade arhiivi deponeeritud uuringu liitumisnumber. Uuringu

Intratsellulaarse replikatsiooni nišš Vibrio koolera jaoks amööbis Acanthamoeba castellanii

Intratsellulaarse replikatsiooni nišš Vibrio koolera jaoks amööbis Acanthamoeba castellanii

Õppeained Bakterioloogia Veemikrobioloogia Abstraktne Vibrio cholerae on inimese patogeen ja koolera põhjustaja. Selle bakteri püsimine veekeskkonnas on peamine epidemioloogiline probleem, kuna koolera levib saastunud vee kaudu. Röövellikud protistid, näiteks amööbid, on sellises keskkonnas bakteripopulatsioonide peamised regulaatorid. Seetõt

Bakterite mitmekesisus seoses sekundaarse produktsiooni ja järelkasvuga pruunvetikas Laminaria hyperborea pindadel

Bakterite mitmekesisus seoses sekundaarse produktsiooni ja järelkasvuga pruunvetikas Laminaria hyperborea pindadel

Õppeained Bakteriaalne sekretsioon Bioloogiline mitmekesisus Metsaökoloogia Mikroobide ökoloogia Abstraktne Pruunvetikasmetsad on kogu maailmas tuntud kui makroskoopilise bioloogilise mitmekesisuse ja esmatoodangu levialad, kuid nende ökosüsteemide bioloogilisest mitmekesisusest ja mikroorganismide rollist on teada väga vähe. Pruun

Merekäsnadest Mycale laxissima ja Ircinia strobilina pärinevate VSBS-i geenide mitmekesisus ja funktsionaalne analüüs

Merekäsnadest Mycale laxissima ja Ircinia strobilina pärinevate VSBS-i geenide mitmekesisus ja funktsionaalne analüüs

Õppeained Bioloogiline mitmekesisus Mikroobide biookeanograafia Mikroobide ökoloogia Sümbioos Abstraktne Käsnad sisaldavad väga mitmekesiseid ja tihedaid mikroobikooslusi, pakkudes keskkonda, kus bakteriaalsed signaalid võivad olla olulised. Kvooruse tuvastamine (QS) on raku tihedusest sõltuv signaalimisprotsess, mida bakterid kasutavad oma geeniekspressiooni koordineerimiseks ja reguleerimiseks. Varas

Muudetud Schaedleri floora süsteemse taseme metabolism, täielik soolestiku mikrobiota

Muudetud Schaedleri floora süsteemse taseme metabolism, täielik soolestiku mikrobiota

Õppeained Bakterid Mikroobide kooslused Abstraktne Schaedleri muudetud taimestik (ASF) on mikroobide mudelkooslus, millel on nii in vivo kui ka in vitro tähtsus. Siin pakume ASF-i kogukonna esimest iseloomustust in vitro , sõltumata hiire peremeesorganismist. Võrdlesime ASF funktsionaalset geneetilist sisaldust hiire metsiku metagenoomidega ja leidsime, et ASF esindab funktsionaalselt metsikuid mikrobiome kui parem, kui sarnase taksonoomilise koostisega juhuslikud konsortsiumid. Tö

Aktiivsed lämmastikku fikseerivad heterotroofsed bakterid Läänemere keskosa kemokliinil ja selle all

Aktiivsed lämmastikku fikseerivad heterotroofsed bakterid Läänemere keskosa kemokliinil ja selle all

Õppeained Biookeanograafia Mikroobide ökoloogia Abstraktne Läänemeri saab suuri lämmastiku sisendeid diasotroofsete (N2-fikseerivate) heterotsüstoossete sinivetikatega, kuid heterotroofse N 2 fikseerimise olulisust pole uuritud. Siin uuriti lämmastiku ensüümi nifH fragmendi mitmekesisust, arvukust ja transkriptsiooni kahes Läänemere vesikonnas. N2 fiksee

Shewanella piezotolerans WP3 NAP süsteemide füsioloogilised ja evolutsioonilised uuringud

Shewanella piezotolerans WP3 NAP süsteemide füsioloogilised ja evolutsioonilised uuringud

Õppeained Bakterite evolutsioon Bakteriaalsed geenid Bakteriaalne füsioloogia Abstraktne Enamik Shewanella liike sisaldab kahte periplasmaatilist nitraadireduktaasi (NAP-α ja NAP-β), mis on selle perekonna ainulaadne omadus. Selles uuringus uuriti kahe NAP-süsteemi füsioloogilist funktsiooni ja evolutsioonilist suhet süvamerebakteris Shewanella piezotolerans WP3. Näida

Denitrifitseerivate mikroorganismide mitmekesisus ja arvukus keskkondades on varasemast suurem

Denitrifitseerivate mikroorganismide mitmekesisus ja arvukus keskkondades on varasemast suurem

Õppeained Pinnase mikrobioloogia Abstraktne Denitrifikatsioon on ülemaailmse lämmastiku tsükli oluline protsess. NirK-i ja NirS-i kodeerivaid geene ( nirK ja nirS ), mis katalüüsivad nitritite redutseerimist lämmastikoksiidiks, on markergeenidena kasutatud, et uurida denitripitaatorite ökoloogilist käitumist keskkonnas. Tavalis

Ruumiliselt eraldatud proovivõtmine näitab dünaamilisi mikroobikooslusi hüdrotermiliste tõusude tõusvas tagakaare basseinis

Ruumiliselt eraldatud proovivõtmine näitab dünaamilisi mikroobikooslusi hüdrotermiliste tõusude tõusvas tagakaare basseinis

Õppeained Biogeokeemia Mikroobide ökoloogia Abstraktne Hüdrotermilistes ploomides suurendavad kemosünteetilised protsessid ning mikroobide ja mineraalide vastastikmõjud süvamere ookeanide toiduvõrkudes primaarset tootlikkust ja võivad mõjutada selliste elementide nagu raua transporti. Mikroorganismide allikad ploomides ja tegurid, mis mõjutavad nende koosluste moodustumist, on aga halvasti arusaadavad, osaliselt seetõttu, et puuduvad andmed putukate tekkimise varastest etappidest. Selles uu

Signaalide vahendatud ristkõne moduleerib sülemist ja biokile moodustumist korallpatogeenis Serratia marcescens

Signaalide vahendatud ristkõne moduleerib sülemist ja biokile moodustumist korallpatogeenis Serratia marcescens

Õppeained Loomade käitumine Bakterid Mikroobide biookeanograafia Sümbioos Abstraktne Mereholobiontidega seotud interaktsioonid mikroobikooslustes aitavad olulisel määral kaasa nende selgrootute, dinoflagellaatide ja bakterite moodustatud sümbiootiliste organismide tervisele. Selgrootutega seotud mikrobiotot kontrollivad mehhanismid pole siiski veel täielikult teada. Asümp

Loomataolised prostaglandiinid mere mikrovetikates

Loomataolised prostaglandiinid mere mikrovetikates

Õppeained Molekulaarökoloogia Transkriptoomika Abstraktne Diatomiidid on ookeani- ja mageveekeskkonna kõige edukamad esmatootjad. Sekundaarsest endosümbiootilisest sündmusest tulenevalt on diatomitel segagenoom, mis sisaldab baktereid, loomi ja taimi sisaldavaid geene, mis kodeerivad ainevahetusradu, mis võib olla nende evolutsioonilise edu taga. Uuri

Madalas mageveesüsteemis esinevate protistlike kogukondade iseloomulik hooajalisus ja suur ruumiline varieeruvus

Madalas mageveesüsteemis esinevate protistlike kogukondade iseloomulik hooajalisus ja suur ruumiline varieeruvus

Õppeained Veemikrobioloogia Abstraktne Väikestel eukarüootidel on veeökosüsteemides võtmeroll, mõjutades nende kohalikku keskkonda, globaalseid biogeokeemilisi tsükleid ja kliimat. Nende mõju sõltub kogukonna struktuurist, mis varieerub aja jooksul. Kuid väga vähesed uuringud võtavad arvesse ajalisi muutusi. See kehtib

Lõuna-Hiina meres metaanhüdraati kandvates süvamere meresetetes olevad seenkooslused

Lõuna-Hiina meres metaanhüdraati kandvates süvamere meresetetes olevad seenkooslused

Abstraktne Seene mitmekesisuse selgitamiseks Lõuna-Hiina meres metaanhüdraati kandvates süvamere meresetetes amplifitseeriti ja fülogeneetiliselt analüüsiti viiest erinevast sette DNA-st koosnevate rRNA-geenide sisemisi transkripteeritud spacer (ITS) piirkondi. Konstrueeriti kokku viis ITS-i raamatukogu ja 413 juhuslikult valitud klooni grupeeriti amplifitseeritud ribosomaalse DNA restriktsioonianalüüsi (ARDRA) abil 24 restriktsioonimustriks. Määrat

Korallikolooniate luustikus on hästi struktureeritud prokarüootsed kooslused

Korallikolooniate luustikus on hästi struktureeritud prokarüootsed kooslused

Õppeained Bioloogiline mitmekesisus Keskkonna mikrobioloogia Mikroobide ökoloogia Mikrobiome Abstraktne Füsioloogiline jõudlus, haigus ja pleegitamise levimus on üksikute korallikolooniate puhul sageli laigulised. Neid vastuseid mõjutavad suuresti korallidega seotud mikroobid, kuid seda, kuidas korallide mikrobioom muutub väikeste ruumiliste skaalade kohal, pole kunagi varem kvantifitseeritud. Tegim

Epifüütiliste bakterite metaboolne jalajälg Arabidopsis thaliana lehtedel

Epifüütiliste bakterite metaboolne jalajälg Arabidopsis thaliana lehtedel

Õppeained Arabidopsis thaliana Ainevahetus Mikroobide ökoloogia Taime füsioloogia Abstraktne Füllosfäär, mida määratletakse maapealsete taimede osadena maapinnast, on suur elupaik erinevatele mikroorganismidele, millel on suur kohanemisvõime nende keskkonnaga. Kultuurisõltumatute funktsionaalse genoomika uuringute käigus loodi hulk hüpoteese, et selgitada spetsialiseeritud bakterite konkurentsivõimet fütosfääris. Seevastu puudu

Maa-aluse serpentiniseerumisega seotud hüperalkalifiilsete mikroobsete koosluste ebatavaline metaboolne mitmekesisus Cedaril

Maa-aluse serpentiniseerumisega seotud hüperalkalifiilsete mikroobsete koosluste ebatavaline metaboolne mitmekesisus Cedaril

Õppeained Bioloogiline mitmekesisus Biogeokeemia Abstraktne Serpentiniseeritud ultramakaalsetest kivimitest väljuv Cedarsi allikate vesi on väga aluseline (pH = ~ 12), vähendades tugevalt ( E h <–550 mV) madala ioonide kontsentratsiooniga. Need tingimused muudavad vedrud erakordselt raskeks eluks. Siin

Mixotroofsed haptofüüdid on oligotroofsete rannikuvete võtmebakterite karjatajad

Mixotroofsed haptofüüdid on oligotroofsete rannikuvete võtmebakterite karjatajad

Õppeained Biookeanograafia Mikroobide ökoloogia Abstraktne Karjatamiskiiruse hinnangud näitavad, et umbes pool oligotroofsetes ookeanides sisalduvast bakteriaalsest osast on tingitud mixotroofsetest helvestest (MF). Enamiku hinnangute kohaselt on vetikaid käsitletud ühe rühmana. Siinkohal oli eesmärk avada fütoflagellaatide (PF) must kast (20 μm). Hapofüü

Taimede stressitaluvus elupaikadele kohandatud sümbioosi kaudu

Taimede stressitaluvus elupaikadele kohandatud sümbioosi kaudu

Abstraktne Näitame, et rannikualade ja geotermiliste elupaikade looduslikud rohuliigid vajavad vastavalt sümbiootilisi seente endofüüte soola- ja soojataluvuse osas. Sümbiootiliselt antud stressitaluvus on elupaigaspetsiifiline nähtus, kus geotermilised endofüüdid annavad soojust, kuid mitte soola taluvust, ja rannikualade endofüüdid, mis annavad soola, kuid mitte kuumitaluvust. Samad se

Seenekogukond lagunevas lehepannas läbib kiireid järjestikuseid muutusi

Seenekogukond lagunevas lehepannas läbib kiireid järjestikuseid muutusi

Õppeained Ökosüsteemi ökoloogia Metsaökoloogia Seeneökoloogia Abstraktne Seened peetakse surnud taimede biomassi esmasteks lagundajateks maapealsetes ökosüsteemides. Senised teadmised seenkoosluste järjestikuste muutuste kohta pesakonna lagunemisel on aga piiratud. Siin uurisime seentekogukonna arengut 24-kuulise pesakonna lagunemisel parasvöötme metsas, kus domineeris Quercus petraea, kasutades seente sisemise transkribeeritud vaheühendi (ITS) piirkonna 454-pürosekveneerimist ja ekstsellulaase kodeerivaid tsellobiohüdrolaasi I ( cbhI ) geene. konkreetselt

Kahepoolmeliste sümbiontidena elavad magnetoome sisaldavad bakterid

Kahepoolmeliste sümbiontidena elavad magnetoome sisaldavad bakterid

Õppeained Metagenoomika Sümbioos Abstraktne Bakterid, mis sisaldavad magnetoome (valguga seotud magnetiidi või greigiidi nanoosakesed), on tavalised paljudes setteelupaikades, kuid neid pole varem leitud, et nad elaksid teises organismis. Näitame siin, et mere kahepoolmeliste Thyasira rakuväliste sümbiontide oktaedrilised lisandid, vrd. goul

Merebakterite võrgustike põhjalik analüüs viitab ajaliste muutuste allapoole levikule

Merebakterite võrgustike põhjalik analüüs viitab ajaliste muutuste allapoole levikule

Õppeained Mikroobide ökoloogia Abstraktne Arvatakse, et nii mikroobide omavaheline interaktsioon kui ka kihistumine sügavustes on mikroobikoosluste olulised tõukejõud, ehkki mikroobide assotsiatsioonide erinevustest sügavuste vahel ja vahel on vähe teada. Oleme jälginud San Pedro Ocean Time-seeriajaamas igakuiselt kümne aasta vältel vabalt elavaid mikroobide kogukonda viiel erineval sügavusel: 5 m, sügava klorofülli maksimaalne kiht, 150 m, 500 m ja 890 m (veidi üle selle) merepõhja). Tutvustame si

Bakterikvoorumi suunatud kokkupanek

Bakterikvoorumi suunatud kokkupanek

Õppeained Rakenduslik mikrobioloogia Abstraktne Paljud aruanded on selgitanud bakterite kvoorumi tuvastamise (QS) - molekulaarse kommunikatsioonisüsteemi - mehhanisme ja tagajärgi, mille abil bakterirakud loetlevad oma rakutiheduse ja korraldavad kollektiivset käitumist. Mõnel juhul on siiski teatatud sellise kollektiivse käitumisega bakterite arvust kas kontsentratsiooni arvuna või murdosa tervikuna. Näite

Raua biosaadavus fütoplanktonile: empiiriline lähenemisviis

Raua biosaadavus fütoplanktonile: empiiriline lähenemisviis

Õppeained Biookeanograafia Mikroobide ökoloogia Abstraktne Veekeskkonnas piirab fütoplanktoni sageli raud. Siin uuritakse Fe biosaadavust fütoplanktonile, analüüsides raua omastamist erinevatest Fe substraatidest mitme fütoplanktoni liigi poolt, mida on kasvatatud Fe piirangu tingimustes, ja võrreldes mõõdetud imendumiskiiruse konstante (Fe omastatuse määr / substraadi kontsentratsioon). Kui Fe sub

Antagonism mõjutab Bacilluse gildi kokkupanemist kohalikus kogukonnas ja seda on kujutatud kui toiduahela võrgustikku

Antagonism mõjutab Bacilluse gildi kokkupanemist kohalikus kogukonnas ja seda on kujutatud kui toiduahela võrgustikku

Õppeained Bakterid Toiduvõrgud Abstraktne Ökoloogia keskne eesmärk on kogukonnakogude tegevust reguleerivate põhimõtete mõistmine. Looduslikes tingimustes on piiratud arv eksperimentaalseid tõendeid selle kohta, et mikroobide kogunemist kogukondades mõjutavad antagonistlikud koostoimed. Seetõttu analüüsisime taksonoomiliselt seotud bakterite gildi bakteriaalsete isolaatide antagonismi, mis saadi mageveesüsteemi setete viiest kohast. Hüpoteesisi

Mere planktonilise kopiotroofi kahe ökotüübi võrdlev genoomika Alteromonas macleodii soovitab eri tüüpi tahkete orgaaniliste ainetega seotud alternatiivseid eluviise.

Mere planktonilise kopiotroofi kahe ökotüübi võrdlev genoomika Alteromonas macleodii soovitab eri tüüpi tahkete orgaaniliste ainetega seotud alternatiivseid eluviise.

Abstraktne Alteromonas macleodii on tavaline mereheterotroofne y-proteobakterium. Eraldatakse sellest mikroobiklastrist molekulaarse analüüsi abil kahte peamisse genotüüpide rühma või ökotüüpi, millest üks leitakse mõõdukatel laiuskraadidel ülemises veerus ja teine ​​on enamasti Vahemere süvavees. Siin kirjeldame

Risobitoksiini tootjad saavad sümbioosis rohkem polü-3-hüdroksübutüraati kui konkureerivad risoomid, kuid vähendavad taimede kasvu

Risobitoksiini tootjad saavad sümbioosis rohkem polü-3-hüdroksübutüraati kui konkureerivad risoomid, kuid vähendavad taimede kasvu

Abstraktne Kaunviljalised sanktsioonid risobia vastu, mis kinnistavad vähem lämmastikku, peaksid tegema tugeva valiku risobia kasulikumate genotüüpide osas, kuid tüved, mis pakuvad peremehele vähe kasu, on tavalised. Üks põhjus võib olla see, et mõned risoomid manipuleerivad peremehega keemiliselt, kahjustades sanktsioonide tõhusust. Näitame s

Keemilised dispergandid suurendavad nafta- ja gaasikondensaate lagundavate merebakterite aktiivsust

Keemilised dispergandid suurendavad nafta- ja gaasikondensaate lagundavate merebakterite aktiivsust

Õppeained Metagenoomika Mikroobide ökoloogia Järgmise põlvkonna järjestamine Transkriptoomika Abstraktne Keemiliste dispergaatorite kasutamine naftareostuses merekeskkonnas on tavaline praktika, et hajutada õli veesambasse ja stimuleerida õli biolagunemist, suurendades selle biosaadavust põlisbakteritele, mis on võimelised looduslikult süsivesinikke metaboliseerima. Reostust

Jääs moodustuvad aktiivsed sademete bakterid on geneetiliselt mitmekesised ja moodustavad erinevaid mehhanisme kasutades tuuma

Jääs moodustuvad aktiivsed sademete bakterid on geneetiliselt mitmekesised ja moodustavad erinevaid mehhanisme kasutades tuuma

Õppeained Õhu mikrobioloogia Bakterioloogia Bioloogiline mitmekesisus Abstraktne Kasvav kaudsete tõendite kogum viitab sellele, et aktiivsed jäätuuma moodustavad (Ice + ) bakterid soodustavad sademete tekkimist ülijahutatud vee heteroloogilisel külmutamisel pilvedes. Jää + bakterite kontsentratsioonist sademes, nende geneetilisest ja fenotüübilisest mitmekesisusest ning nende seosest õhumassi trajektooride ja sademete keemiaga on siiski vähe teada. Selles uuri

Yersinia pestis'e nakkus ja laboratoorsed tingimused muudavad kirbudega seotud bakterikommuune

Yersinia pestis'e nakkus ja laboratoorsed tingimused muudavad kirbudega seotud bakterikommuune

Õppeained Bakteriaalse peremeesorganismi vastus Bakteriaalne infektsioon Mikroobide ökoloogia Abstraktne Kogusime Oropsylla montana kiviktaimlast Spermophilus varigatus ja nakatusime kogutud kirbude alarühma Yersinia pestisega , katku etioloogilise tekitajaga. Metsikute, nakatamata kontrollide ja nakatunud kirbude bakterikommuunide iseloomustamiseks kasutasime triibumärgistatud DNA pürosekveneerimist. Y.

Üldise merebakterite sugupuu genoomiomadused

Üldise merebakterite sugupuu genoomiomadused

Õppeained Evolutsiooniline ökoloogia Mere mikrobioloogia Fülogenoomika Abstraktne Roseobacteri mereliini liikmeid on iseloomustatud kui ökoloogilisi generaatoreid, mis viitab sellele, et taksonile hästi piiritletud ökoloogiliste rollide ja biogeokeemiliste funktsioonide määramisel on probleeme. Selle

Protistide ja bakterite mitmekesisus määrab röövloomade jõudluse ja stabiilsuse

Protistide ja bakterite mitmekesisus määrab röövloomade jõudluse ja stabiilsuse

Õppeained Bakterid Toiduvõrgud Mikroobide ökoloogia Abstraktne Röövimine mõjutab saakloomade mitmekesisust ja produktiivsust, samal ajal kui see mõjutab orgaaniliste toitainete voogu ja ümberjaotumist biomassiks kõrgemal troofilisel tasemel. Ent pole teada, kuidas mõjutavad bakteriviisilisi protiste nende bakterite saagikuse mitmekesisus. Kasutade

Fenotüüpne plastilisus heterotroofsetes mere mikroobikooslustes pidevates kultuurides

Fenotüüpne plastilisus heterotroofsetes mere mikroobikooslustes pidevates kultuurides

Õppeained Mikroobide ökoloogia Abstraktne Fenotüüpne plastilisus (PP) on antud taksoni alternatiivsete fenotüüpide väljatöötamine keskkonnatingimustega kohanemiseks. Metoodilised piirangud on piiranud PP kvantifitseerimist üksikute organismide mõne tunnuse mõõtmisega. Nende väljakutsete ületamiseks ja PP hindamiseks kasutasime metatranskriptoomilisi raamatukogusid, kasutades mikroobikoosluse tunnuste puhverserverina mitmete heterotroofsete organismide ekspresseeritud geene. Metatranskrip

Virotselli kontseptsioon ja keskkonna mikrobioloogia

Virotselli kontseptsioon ja keskkonna mikrobioloogia

Õppeained Keskkonna mikrobioloogia Viroloogia Suur viiruse tagasitulek Viirusosakeste loendamine keskkonnaproovides fluorestsents-elektronmikroskoopia ja transmissioon-elektronmikroskoopia abil on näidanud, et viirused esindavad meie planeedi kõige rikkalikumaid bioloogilisi üksusi. Lisaks on viirustele (viroomidele) keskendunud metagenoomilised analüüsid näidanud, et viiruse genoomid on suur uudse geneetilise mitmekesisuse reservuaar (Kristensen jt, 2010; Mokili jt, 2012). Need

Pinnase proteobakterite arvukus, koostis, mitmekesisus ja uudsus

Pinnase proteobakterite arvukus, koostis, mitmekesisus ja uudsus

Abstraktne Väikese subühiku (16S) rRNA geeniuuringud, mis tekitavad peaaegu täispikkuses 16S rRNA kloone, pakuvad ainulaadset võimalust põhjalikuks fülogeneetiliseks analüüsiks, et tuua esile mitmekesisuse ulatus mitmesuguste peamiste pinnases leiduvate bakterifülode vahel. See uuring pakub üksikasjalikku fülogeneetilist analüüsi proteobakteritega seotud kloonide kohta, mis tuvastati 13 001 peaaegu täispika 16S rRNA geeni klooni põhjal, mis on saadud Oklahoma kõrge rohumaa preeria pinnasest. Proteobakterid

Seosed taime- ja seenekoosluste vahel Amazonase vihmametsade raadamise kronosektsiooni ajal

Seosed taime- ja seenekoosluste vahel Amazonase vihmametsade raadamise kronosektsiooni ajal

Õppeained Bioloogiline mitmekesisus Kogukonna ökoloogia Seeneökoloogia Taimeökoloogia Selle artikli parandus avaldati 24. juunil 2014 Seda artiklit on värskendatud Abstraktne Mikroobsete koosluste, taimekoosluste ja mullaomaduste vastastikmõju mõistmine pärast raadamist võib anda ülevaate maakasutuse muutuse pikaajalisest mõjust ökosüsteemi funktsioonidele ja võib aidata määratleda lähenemisviise, mis edendavad lagunenud alade taastumist. Kombineerisime

Ootamatud genoomsed tunnused laialt levinud rakusisestes bakterites: tõendid mere klamüüdiate liikuvuse kohta

Ootamatud genoomsed tunnused laialt levinud rakusisestes bakterites: tõendid mere klamüüdiate liikuvuse kohta

Õppeained Bakterite evolutsioon Bakteriaalne genoomika Sümbioos Abstraktne Klamüüdiad on kohustuslikud rakusisesed bakterid, mis koosnevad olulistest inimese patogeenidest ja protistide sümbiontidest. Molekulaarsed tõendid näitavad klamüüdiate tohutut mitmekesisust, eriti merekeskkonnas, kuid meie praegused teadmised põhinevad peamiselt maapealsetel esindajatel. Siin ann

Geenivaramu SAR86 - rikkaliku ja harimata merebakterite sugukonna kohta

Geenivaramu SAR86 - rikkaliku ja harimata merebakterite sugukonna kohta

Abstraktne Bakterid 16S rRNA-klaasis SAR86 on kõige arvukamad pinna ookeani mikroobikoosluste mittekultiveeritud koostisosad, mille kohta on genoomi kohta praegu vähe teavet. Kahe peaaegu täieliku genoomi mere metagenoomidest kokkupanemiseks kasutati bioinformaatilisi tehnikaid ja ühe raku sekveneerimine andis veel kaks osalist genoomi. Me

„Käsna-spetsiifilised” bakterid on laialt levinud (kuid haruldased) erinevates merekeskkondades

„Käsna-spetsiifilised” bakterid on laialt levinud (kuid haruldased) erinevates merekeskkondades

Õppeained Bioloogiline mitmekesisus Mere mikrobioloogia Abstraktne Arvukad uuringud on teatanud käsnaspetsiifiliste 16S ribosomaalse RNA (rRNA) geenijärjestuste klastrite olemasolust, mis esindavad käsnades leiduvaid baktereid, kuid mida pole tuvastatud teistes keskkondades, näiteks merevees. Sügavjärjestuse määramise tehnoloogiate tulek võimaldab meil uurida haruldasi mikroobseid biosfääre, et teha kindlaks, kas need bakterid on tõepoolest käsnespetsiifilised või levinud laiemalt, kuid ainult siis, kui arvukus on alla tavapäraste molekulaarsete lähenemisviiside avastamispiiri. Sõelusime> 1

Eukarüootsete jääga seonduvate valkude in situ ekspressioon Arktika ja Antarktika merejää mikroobikooslustes

Eukarüootsete jääga seonduvate valkude in situ ekspressioon Arktika ja Antarktika merejää mikroobikooslustes

Õppeained Mikroobide kooslused Järjestus Veemikrobioloogia Abstraktne Jääga seonduvad valgud (IBP-d) on eraldatud erinevatest merejää organismidest. Nende iseloomustus osutab olulisele rollile organismide kaitsmisel keskkonnas, kus null on väiksem. Nende in situ arvukus ja mitmekesisus mere-jää mikroobikooslustes on suures osas teadmata. Selles

Pinna ookeani roosbakterite voolujoonelise liini evolutsioonianalüüs

Pinna ookeani roosbakterite voolujoonelise liini evolutsioonianalüüs

Õppeained Bakteriaalne genoomika Mere mikrobioloogia Fülogeneetika Abstraktne Valdav osa ookeani pinnabakteritest on harimata. Võrreldes kasvatatud sugulastega on neil sageli sujuvam genoom, vähendatud G + C sisaldus ja selge geenirepertuaar. Need genoomsed tunnused on olulised keskkonnaga kohanemisel ja üldiselt arvatakse, et need kinnistuvad selektsiooni kaudu merebakterite populatsioonides. Kas

Ammoniaagi oksüdeerijate ja nitriti oksüdeerijate erinev panus nitrifikatsiooni neljas koorimata mullas

Ammoniaagi oksüdeerijate ja nitriti oksüdeerijate erinev panus nitrifikatsiooni neljas koorimata mullas

Õppeained Pinnase mikrobioloogia Abstraktne Riisi koorimata põlde iseloomustab regulaarne üleujutus ja lämmastikuga väetamine, kuid aeroobsete ammoniaagi oksüdeerijate ja nitriti oksüdeerijate funktsionaalne tähtsus ainulaadse põllumajanduse korraldamisel on halvasti mõistetav. Selles uuringus kirjeldame ammoniaaki oksüdeerivate arhaea (AOA), bakterite (AOB) ja nitritit oksüdeerivate bakterite (NOB) erinevat panust nitrifikatsioonil neljas koorimata pinnases eri geograafilistest piirkondadest (Zi-Yang (ZY), Jiang- Du (JD), Lei-Zhou (LZ) ja Jia-Xing (JX)), mis esindavad riisi ökosüsteeme Hiinas.

Bioturbetud ranniku setetes asuvate põhjaloomuliste mikroobikoosluste bioloogilist mitmekesisust kontrollitakse geokeemiliste mikronüümidega

Bioturbetud ranniku setetes asuvate põhjaloomuliste mikroobikoosluste bioloogilist mitmekesisust kontrollitakse geokeemiliste mikronüümidega

Abstraktne Kasutasime põllu- ja laboratoorsete lähenemisviiside kombinatsiooni, et uurida, kuidas kahe kooriklooma, kummituskreve Neotrypaea californiensis ja viirastuskrabi Uca crenulata , bioturbetegevus mõjutab rannikuäärse laguuni (Catalina sadam, Santa Catalina saar, Catalina sadam, CA, USA). Kes

Haruldane SAR11 fosmiidkloon, mis kinnitab geneetilist varieeruvust genoomis „Candidatus Pelagibacter ubique”

Haruldane SAR11 fosmiidkloon, mis kinnitab geneetilist varieeruvust genoomis „Candidatus Pelagibacter ubique”

Abstraktne Kirjeldatakse rannikuäärsete meregenoomiliste raamatukogude fosmiidkloonide järjestuse analüüsi, mis sisaldab 16S rRNA geeni, millel on kõrge järjestuse sarnasus SAR11 bakteri ' Candidatus Pelagibacter ubique' HTCC1062 omaga. Fosmiidi klooni järjestus oli 32 086 aluspaari pikkune ja sisaldas 23 187 aluspaari 48-kb hüpervarieeruvat piirkonda 2 (HVR2), mis paiknes 'Candi genoomis. P. ubiq

Mitme kultuurilise bentosa arhaea liini genoomne rekonstrueerimine soovitab selgeid biogeokeemilisi rolle ja ökoloogilisi nišše

Mitme kultuurilise bentosa arhaea liini genoomne rekonstrueerimine soovitab selgeid biogeokeemilisi rolle ja ökoloogilisi nišše

Õppeained Archaea Keskkonna mikrobioloogia Mikroobide ökoloogia Selle artikli parandus avaldati 21. märtsil 2017 Abstraktne Mitmetele arheoloogilistele liinidele kuuluvad genoomsed prügikastid saadi Valge Tamme jõe suudmeala setetes eraldiseisvatest redoksrežiimidest. Rekonstrueeritud arheoloogilised genoomid tuvastati kuuluvana riisiklastrite III ja V alarühma (RC-III, RC-V), mere merepõhja rühma D (MBG-D) ja äsjakirjeldatud arheoloogiaklassi Theionarchaea. Nende ka

Märkimisväärne CO2 fikseerimine väikeste prümnesofüütide abil Atlandi ookeani subtroopilises ja troopilises kirdeosas

Märkimisväärne CO2 fikseerimine väikeste prümnesofüütide abil Atlandi ookeani subtroopilises ja troopilises kirdeosas

Õppeained Mikroobide biookeanograafia Mikroobide ökoloogia Algne artikkel avaldati 15. aprillil 2010 Parandus: ISME Teataja (2010) 4 , 1180–1192; doi: 10.1038 / ismej.2010.36 Pärast selle artikli avaldamist on autorid märganud, et biomassi-spetsiifilised süsinikdioksiidi fikseerimise kiiruse ühikud on valed (näiteks tabelis 2 ja joonisel 4). Biomass

Viinamarjajääkide kompost sisaldab uudseid redutseerivate dehalogenaasi geenidega organohalogeniidist kosutavaid Dehalogenimonase liike

Viinamarjajääkide kompost sisaldab uudseid redutseerivate dehalogenaasi geenidega organohalogeniidist kosutavaid Dehalogenimonase liike

Õppeained Rakenduslik mikrobioloogia Reostuse heastamine Pinnase mikrobioloogia Abstraktne Orgaanaliide resistentsetel bakteritel on loomuliku kloori tsüklis võtmeroll; suurem osa praegustest teadmistest põhineb siiski saastunud keskkondade kultuuridel. Näitame, et viinamarjade presskompost ilma eelneva kokkupuuteta klooritud lahustitega sisaldab Dehalogenimonas ( Dhgm ) liike, mis on võimelised kasutama klooritud eteenid, sealhulgas inimese kantserogeen ja tavaline põhjavee saasteaine vinüülkloriid (VC) elektronaktseptoritena. Viinama

Leeliseline fosfataas PhoX on merebakterites laialt levinud kui klassikalises PhoA

Leeliseline fosfataas PhoX on merebakterites laialt levinud kui klassikalises PhoA

Abstraktne Fosfor (P) on kõigi elusorganismide elutähtis toitaine ja võib kontrollida bakterite kasvu ookeanis. Bakterid kutsuvad esile aluselisi fosfataase, kui anorgaanilised fosfaadid (P i ) ei ole nende P-nõuete täitmiseks piisavad, ja seetõttu on mikroobsete koosluste P-seisundi hindamiseks kasutatud aluselise fosfataasi aktiivsuse mõõtmisi. Selles

Maa-aluste ökosüsteemide vastupidavus: maa-aluste saasteainete pikaajaline nõrgenemine toetab dünaamilist mikroobikooslust

Maa-aluste ökosüsteemide vastupidavus: maa-aluste saasteainete pikaajaline nõrgenemine toetab dünaamilist mikroobikooslust

Abstraktne Põhjavee ökosüsteemide valmisolek orgaaniliste kemikaalide (antud juhul kivisöetõrva jäätmete) saastumisest taastuda on teadlaste ja inseneride jaoks, kes haldavad saastatud kohti. Mikroobide vahendatud puhastusprotsessid pakuvad huvi ka ökoloogidele, kuna need on ökosüsteemide vastupidavuse oluliseks mehhanismiks. Selles u

Ressursside jaotamine seoses Lactobacillus'e liikide kooseluga hiire metsas

Ressursside jaotamine seoses Lactobacillus'e liikide kooseluga hiire metsas

Abstraktne Selgroogsete soolestiku koosluste fülogeneetiline analüüs on edasi arenenud, kuid monogastraalsete loomade soolestiku elupaiku jagavate kommensaalide suhteid, eriti troofilisel tasandil, pole mingil määral uuritud. Lactobacillus reuteri tüvi 100–23 ja Lactobacillus johnsonii tüvi 100–33 kooselus hiirte metsas. Niššide v

Sissevaated romaani arheoloogilise varjupaiga "Diapherotrites" ainevahetusest, elustiilist ja oletatavast evolutsiooniajaloost

Sissevaated romaani arheoloogilise varjupaiga "Diapherotrites" ainevahetusest, elustiilist ja oletatavast evolutsiooniajaloost

Õppeained Arheoloogiline genoomika Abstraktne Hiljuti tehti ettepanek arheoloogilise varjupaiga "Diapherotrites" kohta, mis põhineb hüljatud kuldkaevanduses (Homestake'i kaevandus Leadis, SD, USA) maa-aluse vee imbumisest taastatud genoomide fülogenoomilisel analüüsil. Siin tutvustame kolme diapherotrititesse kuuluva kolme üksiku võimendatud genoomi (SAG) metaboolsete võimete ja genoomiliste omaduste üksikasjalikku analüüsi. SAG-i kõig

Kõrge denitrifikatsiooni ja nitraatide eemaldamise kiirus külmasetetes

Kõrge denitrifikatsiooni ja nitraatide eemaldamise kiirus külmasetetes

Õppeained Biokiled Biogeokeemia Mikroobide biookeanograafia Abstraktne Mõõtsime denitrifikatsiooni ja nitraatide eemaldamise kiirust Mehhiko lahe külmase sette setetes. Heterotroofse potentsiaalse denitrifikatsiooni määra määrati aegrea inkubatsioonides. Beggiatoa asustatud pinna setted näitasid kõrgemat heterotroofse potentsiaaliga denitrifikatsiooni määra (32 μMN vähendatud päev- 1 ) kui sügavamad setted (11 μMN vähendatud päev- 1 ). Nitraadi eemaldam

Juure süsiniku metsa huumusse transportimise häirimine stimuleerib seenhaiguste oportuniste mükoriisaseente arvelt

Juure süsiniku metsa huumusse transportimise häirimine stimuleerib seenhaiguste oportuniste mükoriisaseente arvelt

Õppeained Metsaökoloogia Seeneökoloogia Abstraktne Boreaalsete metsade huumuskihtides domineerivad ektomükorrhizaal seened. Need sõltuvad süsivesikutest, mis siirduvad juurte kaudu seeneniidistiku kaudu pinnasesse mikrosiitidesse, kus nad toitaineid toidavad. Seetõttu on mükoriisaseened tundlikud häirivate häirete suhtes, mis võivad piirata nende süsinikuvarustust. Juurte ühe

Elupaikade stress põhjustab muutusi koostises, CO2 gaasivahetuses ja C-jaotuses elutunnustena mulla bioloogilistes koorikutes

Elupaikade stress põhjustab muutusi koostises, CO2 gaasivahetuses ja C-jaotuses elutunnustena mulla bioloogilistes koorikutes

Õppeained Ökofüsioloogia Pinnase mikrobioloogia Abstraktne Bioloogilised mullakoorikud (BSC) on maailma kõige karmimate elupaikade domineeriv funktsionaalne taimestik. Hinnati BSC reageerimist stressile biootilise koostise muutuste, CO 2 gaasivahetuse ja süsiniku jaotuse kaudu kolmes samblike domineerivas BSC-s erineva stressitasemega elupaikadest, veel kahest äärmuslikumast kohast Antarktikas ja ühest mõõdukast alast Saksamaal. Maksimaa

Metaaniga toidetavad mikroobid näitavad kogukonna erinevat dünaamikat ja täpset taksonit, mis on seotud kogukonna reageerimisega

Metaaniga toidetavad mikroobid näitavad kogukonna erinevat dünaamikat ja täpset taksonit, mis on seotud kogukonna reageerimisega

Õppeained Veemikrobioloogia Abstraktne Järgnevate setteproovidega ettevalmistatud laboratoorsetes mikrokosmide inkubatsioonides esitame vaatlusi bakteriaalsete koosluste dünaamika kohta reageerides metaani stimulatsioonile. Esmalt mõõtsime pikaajaliste rikastamiskultuuride taksonoomilisi koostisi ja leidsime, et ehkki domineerivad Methylococcaceae tüübid, sisaldavad need kultuurid ka kaasnevaid tüüpe, mis kuuluvad piiratud arvul bakteriaalsete taksonite, metüülotroofide ja mittemetüülotroofide hulka. Seejärel jä

Loodusliku lõhna atraktiivsus piimhappebakterite ja nematoodide Caenorhabditis elegans vahel

Loodusliku lõhna atraktiivsus piimhappebakterite ja nematoodide Caenorhabditis elegans vahel

Õppeained Molekulaarökoloogia Abstraktne Loomsed röövloomad saavad saaki jälgida oma terava lõhnataju abil. Bakterioodne nematood Caenorhabditis elegans kasutab tundlikke haistmis sensoorseid neuroneid, mis ekspresseerivad selgroogsetele sarnaseid lõhnaretseptoreid, et leida baktereid. C. elegans näitab lõhnaga seotud käitumist nagu ligimeelitamine, vastumeelsus ja kohanemine, kuid selle käitumise ökoloogiline tähtsus pole teada. Toidumikrob

Kuumaveeallika mikroobi mati klorofototroofide metatranskriptoomilised analüüsid

Kuumaveeallika mikroobi mati klorofototroofide metatranskriptoomilised analüüsid

Õppeained Ökofüsioloogia Mikroobide ökoloogia Fotosüntees Transkriptoomika Abstraktne Yellowstone'i rahvuspargis leeliselise ränidioksiidil põhineva kuumaveeallika Mushroom Spring fototroofsete mikroobide kooslust uuriti metatranskriptoomiliste meetoditega. RNA ekstraheeriti mattidest proovidest, mis olid kogutud neljas ajapunktis ühe värvimistsükli jooksul valgus-pimeduse ja pimeduse-valguse ülemineku ajal. Neid RNA

Korallide pindmise lima mikrobiomil on võtmeroll holobionti tervise ja häirete korral ellujäämise vahendamisel

Korallide pindmise lima mikrobiomil on võtmeroll holobionti tervise ja häirete korral ellujäämise vahendamisel

Õppeained Mikroobide ökoloogia Abstraktne Mikroobid on koralli holobionti hästi tunnustatud liikmed. Limaga seotud mikroobikoosluste lühiajalisest dünaamikast looduslikes tingimustes ja pärast häireid ning selle kohta, kuidas see dünaamika on seotud peremehe tervisega, on aga vähe teada. Siin uurisime prokarüootsete koosluste looduslikku varieeruvust (tuginedes 16S ribosomaalse RNA geeni amplikoni järjestamisele), mis seostuvad Porites astreoides pindmise limakihiga (SML) - liigiga, millel on tsükliline lima vananemine ja eraldumine . Prokarüoot

Hüdrogenaasikiip: plaaditav oligonukleotiidne DNA mikromõõtmistehnika vesinikku tootvate ja tarbitavate mikroobide iseloomustamiseks mikroobikooslustes

Hüdrogenaasikiip: plaaditav oligonukleotiidne DNA mikromõõtmistehnika vesinikku tootvate ja tarbitavate mikroobide iseloomustamiseks mikroobikooslustes

Abstraktne Oleme välja töötanud laiaulatusliku meetodi peamiste vesinikku tootvate ja tarbitavate mikroorganismide tuvastamiseks, analüüsides hüdrogenaasi geenisisaldust ja ekspressiooni keerukates anaeroobsetes mikroobikooslustes. Meetodi aluseks on hüdrogenaasi geeni oligonukleotiidse DNA mikrokiibi plaatimine (Hydrogenase Chip), mis rakendab suure arvu proove geeni kohta, plaadides sondijärjestusi huvipakkuvatele geenidele 1, 67 × –2x katvusega. See disai

Sünbiootiline lähenemine taastab soole homöostaasi ja pikendab kahheksiaga leukeemiliste hiirte elulemust

Sünbiootiline lähenemine taastab soole homöostaasi ja pikendab kahheksiaga leukeemiliste hiirte elulemust

Õppeained Soolehaigused Mikrobiome Abstraktne Vähi kahheksia on multifaktoriline sündroom, mis hõlmab lihaste raiskamist ja põletikku. Kuna soolestiku mikroobid mõjutavad peremeesorganismi immuunsust ja ainevahetust, uurisime soolestiku mikrobiota rolli vähktõve ja sellega kaasneva kahheksia ravis. Kääre

Pseudomonase eksperimentaalsete populatsioonide evolutsiooniline lähenemine

Pseudomonase eksperimentaalsete populatsioonide evolutsiooniline lähenemine

Õppeained Bakteriaalne geneetika Biokiled Evolutsioon Abstraktne Mikroobide mudelisüsteemid annavad võimaluse mõista ökoloogiliste tunnuste geneetilisi aluseid, nende arengut, regulatsiooni ja sobivust. Pseudomonas fluorescens eksperimentaalsed populatsioonid lahknevad kiiresti ruumiliselt struktureeritud mikrokosmides, tekitades mitmesuguseid pinda koloniseerivaid vorme. Vaa

Võtke mind kinni, kui saate: Bdellovibrio bacteriovorus 109J levik ja söötmine mütseelias

Võtke mind kinni, kui saate: Bdellovibrio bacteriovorus 109J levik ja söötmine mütseelias

Õppeained Mikroobide kooslused Keskkonna mikrobioloogia Abstraktne Heterogeense keskkonna ja ressursijaotusega toimetulemiseks on filamentaalsetel seentel välja kujunenud ruumiliselt ulatuslik kasv, mis võimaldab nende hüfadel tungida õhu-vee liidestesse ja läbida õhuga täidetud poorid. Teadaolevalt toimivad sellised mütseeliad ka hajuvusvõrgustikuna bakterite mobiliseerimiseks („seenteed”) ja mikroobsete mikroelukohtade ühendamiseks. Siiani pole a

Membraanvesiikulid looduskeskkonnas: peamine väljakutse viirusökoloogias

Membraanvesiikulid looduskeskkonnas: peamine väljakutse viirusökoloogias

Õppeained Mikroobide ökoloogia Viroloogia Rakuväliste membraanvesiikulite (edaspidi MV) tootmine on universaalne rakuline omadus, mis on ühine kolmele eluvaldkonnale (Deatherage ja Cookson, 2012). Eelkõige on aastakümneid olnud teada, et bakterid, sealhulgas mereliigid, tekitavad MV-sid laboris, aga ka biokiledes või nakkuste ajal (Schooling ja Beveridge, 2006; Deatherage ja Cookson, 2012). Kuid

Külma kohanemine, mida reguleerib krüopaatilise profaagi ekstsisioon Shewanella oneidensis'es

Külma kohanemine, mida reguleerib krüopaatilise profaagi ekstsisioon Shewanella oneidensis'es

Õppeained Keskkonna mikrobioloogia Mikroobide ökoloogia Abstraktne Bakterite poolt kogetud keskkonnamõjude hulgas on temperatuuri nihe üks olulisemaid. Selles uuringus avastasime Shewanella oneidensis'is uudse külma kohanemismehhanismi, mis toimub DNA tasemel ja mida reguleerib krüptilise profaagi ekstsisioon. Vara

Atsetoklastne metanosaeta on orgaaniliste rikaste Antarktika meresetete domineerivad metanogeenid

Atsetoklastne metanosaeta on orgaaniliste rikaste Antarktika meresetete domineerivad metanogeenid

Õppeained Biogeokeemia Abstraktne Hoolimata suurema osa settemetaani moodustamisest, on maa-aluste metanogeenide füsioloogia ja suhteline arvukus endiselt halvasti mõistetav. Me ühendasime puutumata polaarsete lipiidide ja metagenoomide tehnikad, et Antarktika Adélie basseini tugevalt redutseerivates orgaanilistes rikastes setetes paremini piirata metanogeenide olemasolu ja funktsioone. Met

Eksopolüsahhariidide mikrokanalid suunavad bakterite liikuvust ja korraldavad mitmerakulist käitumist

Eksopolüsahhariidide mikrokanalid suunavad bakterite liikuvust ja korraldavad mitmerakulist käitumist

Õppeained Mikroobide kooslused Abstraktne Müksobakterid on mullabakterite perekond, mis moodustavad keeruka arhitektuuriga biokilesid, joondatud mitmekihilisi sülemeid või viljakehade struktuure, mis on lihtsad või hargnenud agregaadid, mis sisaldavad müksospoose. Siin uurisime maatriksieksopolüsahhariidi (EPS) strukturaalset rolli nende pinnal elavate bakterirakude korraldamisel. Kasut

Tekkiva nakkushaiguse ülekande dünaamika eluslooduses peremeesorganismi paljunemistsüklite kaudu

Tekkiva nakkushaiguse ülekande dünaamika eluslooduses peremeesorganismi paljunemistsüklite kaudu

Õppeained Loomakasvatus Viirusnakkus Viiruse levik Abstraktne Tekkivad nakkushaigused on metsloomade populatsioonidele suureks ohuks. Nende haiguste dünaamikast parema mõistmise huvides uurisime, kuidas peremeesorganismi reproduktiivkäitumine ja hooajalised temperatuurimuutused soodustavad nakkuste levikut metsikute peremeeste vahel, kasutades karpkala herpesviiruse 3 (CyHV-3) haiguse mudelisüsteemi. Mei

Bakteriaalse transkriptoomi ümberkujundamine järjestikuse kooskultuuri käigus koos mere dinoflagellaadi ja diatomiga

Bakteriaalse transkriptoomi ümberkujundamine järjestikuse kooskultuuri käigus koos mere dinoflagellaadi ja diatomiga

Õppeained Biookeanograafia Mikroobide ökoloogia Abstraktne Esmaste tootjatena moduleerib mere fütoplankton heterotroofseid bakterite aktiivsust nende eralduva orgaanilise aine tüübi ja koguse erinevuste kaudu. Selles uuringus uuritakse bakterit Ruegeria pomeroyi , mis on Roseobacteri klade liige, kes on teadaolevalt seotud ookeani fütoplanktoni erinevate rühmadega, transkriptsioonivastust fütoplanktoni taksonoomia nihke ajal. Bakter

Geenidele suunatud metagenoomika näitab aromaatsete dioksügenaasigeenide ulatuslikku mitmekesisust keskkonnas

Geenidele suunatud metagenoomika näitab aromaatsete dioksügenaasigeenide ulatuslikku mitmekesisust keskkonnas

Abstraktne Geenide mitmekesisuse ja oluliste keskkonnaprotsesside funktsioonide vahelise seose mõistmine on peamine ökoloogilise uurimistöö eesmärk. Aromaatsete dioksügenaasi geenide suhtes rakendasime geenile suunatud metagenoomikat ja pürosekveneerimist, et saada suurema järjestuse sügavust kui teiste meetoditega võimalik. Polümera

Nukleotsütoplasmaatiliste suurte DNA-viiruste uurimine Tara Ookeani mikroobide metagenoomides

Nukleotsütoplasmaatiliste suurte DNA-viiruste uurimine Tara Ookeani mikroobide metagenoomides

Õppeained Metagenoomika Mikroobide biookeanograafia Abstraktne Tuumatsütoplasmaatilised suured DNA-viirused (NCLDV-d) moodustavad eukarüootsete viiruste rühma, millel võib olla meres ülioluline ökoloogiline roll, kiirendades nende üherakuliste peremeeste ringlust või põhjustades loomadel haigusi. Merelist

Soovitud taksonite hõivamine valimiüleste korrelatsioonide abil

Soovitud taksonite hõivamine valimiüleste korrelatsioonide abil

Õppeained Rakenduslik mikrobioloogia Metagenoomika Abstraktne Inimese mikrobioomiprojekt (HMP) tuvastas "kõige otsitavamate" taksonite 16S rRNA geenijärjestused, mis olid levinud terve inimese mikrobiootas, kuid kaugel varem teadaolevatest järjestustest. Alates 2012. aastast on vähesed vastavatest genoomidest eraldatud ja järjestatud ning seda vaid täiustatud eraldamismeetodite abil. Näita

Pseudomonas aeruginosa metaboolse lahknemise areng pikaajalise infektsiooni ajal hõlbustab liikidevahelist interaktsiooni koostoimes

Pseudomonas aeruginosa metaboolse lahknemise areng pikaajalise infektsiooni ajal hõlbustab liikidevahelist interaktsiooni koostoimes

Õppeained Mikroobide ökoloogia Abstraktne Polümikroobsete interaktsioonide mõju patogeeni füsioloogiale ja see, kuidas see võib toimida patogeeni kolonisatsiooni piiramiseks või patogeeni laienemise ja virulentsuse tugevdamiseks, pole täpselt teada. Pseudomonas aeruginosa ja Staphylococcus aureus on oportunistlikud patogeenid, mida tavaliselt leidub koos polümikroobsetes inimese nakkustes. Kuid me

Escherichia coli varane koloniseerimine kutsub esile roti jämesoole epiteeli ümbertegemise, liikudes uue homöostaatilise seisundi poole

Escherichia coli varane koloniseerimine kutsub esile roti jämesoole epiteeli ümbertegemise, liikudes uue homöostaatilise seisundi poole

Õppeained Käärsool Mikrobiota Abstraktne Uurisime varakult koloniseerivate bakterite mõju käärsoole epiteelile. Eraldasime tavaliste imetavate rottide soolestikust domineerivad bakterid, Escherichia coli , Enterococcus faecalis , Lactobacillus intestinalis , Clostridium innocuum ja uudse Fusobacterium spp., Nin

Toitainerežiim reguleerib keeruka transkriptsiooni alguskoha kasutamist Pseudoalteromonas kitinaasi geeniklastris

Toitainerežiim reguleerib keeruka transkriptsiooni alguskoha kasutamist Pseudoalteromonas kitinaasi geeniklastris

Abstraktne Merebakteri Pseudoalteromonas sp. Kitinaasi geeniklaster S91, chiABC , mis produtseerib selle sp. Peamisi kitinaase, transkribeeriti operonina ja igast üksikust geenist. chiA-l , chiB-l ja chiC-l leiti olevat mitu transkriptsioonilist lähtepunkti (TSP), mille kasutamine määrati S91 kasvu jaoks kasutatava toitainerežiimiga. Min

Perekond Micromonospora on laialt levinud liblikõieliste juure sõlmedes: Lupinus angustifolius näide

Perekond Micromonospora on laialt levinud liblikõieliste juure sõlmedes: Lupinus angustifolius näide

Õppeained Mikroobide ökoloogia Pinnase mikrobioloogia Sümbioos Abstraktne Meie praegused teadmised taimede ja mikroobide koostoime kohta näitavad, et peremeestaimes elavad populatsioonid ei piirdu ühe mikroobse liigiga, vaid koosnevad mitmest perekonnast ja liigist. Keegi ei tea, kas taimede sisesed kooslused interakteeruvad, ja on spekuleeritud, et nende koosmõjul on positiivne mõju. Hispa

Linaspetsiifiline molekulaarne sondeerimine näitab haplosporidiaanide uudset mitmekesisust ja ökoloogilist jaotust

Linaspetsiifiline molekulaarne sondeerimine näitab haplosporidiaanide uudset mitmekesisust ja ökoloogilist jaotust

Õppeained Biookeanograafia Mikroobide ökoloogia Parasitoloogia Abstraktne Haplosporidians on enamasti merelistest selgrootutest koosnevad rüsaari parasiidid. Nende hulka kuuluvad kaubanduslikult oluliste molluskite haiguste põhjustajad, sealhulgas austrite MSX-tõbi. Hoolimata nende olulisusest toiduga kindlustatuse osas, on nende mitmekesisus ja levik vähe teada. Kasu

Kvooruse tuvastamine kaitseb bakterite koostööd petiste ekspluateerimise eest

Kvooruse tuvastamine kaitseb bakterite koostööd petiste ekspluateerimise eest

Õppeained Mikroobide ökoloogia Abstraktne Kvooruse tuvastamine (QS) on raku-raku sidesüsteem, mida leidub paljudes bakteriliikides ja mis kontrollib tavaliselt sekreteeritud ühiseid jooni, sealhulgas rakuvälised seedeensüümid. Näitame, et QS-i kanooniline regulatiivne ülesehitus võimaldab bakteritel tajuda suure tihedusega populatsioonide genotüübilist koostist ja piirata ühistuinvesteeringud ühisettevõtte jaoks rikastatud sotsiaalsete keskkondadeni. Kasutades opo

Toitained mõjutavad transkriptsioonilisi muutusi, mis säilitavad metaboolset homöostaasi, kuid muudavad mikrotsüstistis genoomi ülesehitust

Toitained mõjutavad transkriptsioonilisi muutusi, mis säilitavad metaboolset homöostaasi, kuid muudavad mikrotsüstistis genoomi ülesehitust

Õppeained Magevee ökoloogia Mikroobide ökoloogia Transkriptoomika Selle artikli parandus avaldati 23. septembril 2014 Seda artiklit on värskendatud Abstraktne Tsüanobakter Microcystis aeruginosa on ülemaailmselt levinud õisi moodustav organism, mis lagundab magevee süsteeme kogu maailmas. Selle hajutamist, mitmekesistamist ja edu soodustavad tegurid on siiski halvasti mõistetavad. Et saad

Elu äärel: Ignicoccus hospitalis'e funktsionaalne genoomne reageering Nanoarchaeum equitans'ile

Elu äärel: Ignicoccus hospitalis'e funktsionaalne genoomne reageering Nanoarchaeum equitans'ile

Õppeained Arheoloogiline genoomika Evolutsioonibioloogia Funktsionaalne genoomika Rahvastiku dünaamika Abstraktne Mere hüpertermofiilne crenarchaeon Ignicoccus hospitalis toetab Nanoarchaeum equitans'i , evolutsiooniliselt mõistatusliku arheoni paljunemist selle pinnal, mis sarnaneb kõrgelt saadud parasiitide ja sümbiootiliste bakteritega. Raku

Bakterite maa koloniseerimise ühtse vaate otsing

Bakterite maa koloniseerimise ühtse vaate otsing

Õppeained Metagenoomika Mikroobide ökoloogia Fülogeneetika Abstraktne Vee ja maa vahelise bakteriaalse ülemineku aluseks olevate molekulaarsete mehhanismide uurimine on kriitiline algus maapealsete ökosüsteemide toimimise ja stabiilsuse paremaks mõistmiseks. Siin teostame laiaulatuslikke analüüse, mis põhinevad suurel hulgal bakteritel, integreerides taksonoomilisi, fülogeneetilisi ja metagenoomilisi andmeid, otsides ühtset vaadet, mis selgitaks mere eellastest genoomilist, evolutsioonilist ja ökoloogilist dünaamikat mittesisaldava keskkonnaga kohanemisel. Hüpotees on,

Stabiilse isotoobi määramine anaeroobse benseeni lagunemisega seotud peamiste raua redutseerivate mikroorganismide tuvastamiseks

Stabiilse isotoobi määramine anaeroobse benseeni lagunemisega seotud peamiste raua redutseerivate mikroorganismide tuvastamiseks

Abstraktne Siin esitame üksikasjaliku funktsionaalse ja fülogeneetilise kirjelduse raua redutseeriva rikastamiskultuuri kohta, mida peetakse meie laboris benseeni kui ainsa süsiniku- ja energiaallikaga. 13 C-märgise assimileerimisel kõige aktiivsemas rikastuses olevate mikroobide tuvastamiseks kasutasime DNA-stabiilset isotoobi sondeerimist. Kui

Funktsionaalne seos Campylobacter concisus ning mao ökosüsteemi vahel tervise ja haiguste korral

Funktsionaalne seos Campylobacter concisus ning mao ökosüsteemi vahel tervise ja haiguste korral

Õppeained Mikroobide ökoloogia Mikrobiota Meie grupp on suure huviga lugenud von Rosenvinge jt artiklit. (2013) maomahlas esineva mikrobioota iseloomustamiseks, kasutades nii 16S ribosoomi DNA kui ka ribosomaalse RNA järjestust. Mao happesus ja proteolüütilised ensüümid takistavad allaneelatud mikroobide teket, mõjutades seeläbi kogu seedetrakti (GIT) mikroobset ökoloogiat. Seda toe

AHL-i juhitavad kvooruse tuvastamise ahelad: nende sagedus ja funktsioon proteobakterite seas

AHL-i juhitavad kvooruse tuvastamise ahelad: nende sagedus ja funktsioon proteobakterite seas

Nüüd on ilmne, et bakterid kasutavad oma asustustiheduse tajumiseks regulatsioonisüsteeme, mida nimetatakse kvooruse tuvastamiseks (QS). Sellised süsteemid sõltuvad signaalmolekulide tootmisest, mis aktiveerivad spetsiifilised geenid, kui signaal saavutab kriitilise läve kontsentratsiooni. Sellised QS-i reguleeritud geenid tekitavad fenotüüpe, mis nõuavad kooskõlastatud käitumist, et anda elanikkonnale konkurentsieelis (näiteks biokile moodustumine ja patogenees). Kõige pare

Collodaria (Radiolaria) biogeograafia ja mitmekesisus globaalses ookeanis

Collodaria (Radiolaria) biogeograafia ja mitmekesisus globaalses ookeanis

Õppeained Bioloogiline mitmekesisus Mikroobide biookeanograafia Abstraktne Kollodariad on heterotroofsed mereprotistikud, mis eksisteerivad kas suurtest kolooniatest, mis koosnevad sadadest rakkudest või suurte üksikute rakkudena. Kõik seni kirjeldatud liigid sisaldavad rakusiseseid mikrovetikaid fotosümbiontidena. Kui

Molekulaarsed tõendid raua piiratuse ja kättesaadavuse kohta globaalses diasotroofses trikoodides

Molekulaarsed tõendid raua piiratuse ja kättesaadavuse kohta globaalses diasotroofses trikoodides

Õppeained Bakteriaalne füsioloogia Biogeokeemia Mikroobide biookeanograafia Molekulaarne evolutsioon Abstraktne N2-fikseerivate sinivetikate perekonna Trichodesmium aktiivsus on ülitähtis lämmastiku (N) ja süsiniku (C) tsüklite jaoks. Kuigi on tõestatud, et raud (Fe) on oluline tegur, mis piirab trikoodiumisisalduse kasvu ja N 2 fikseerimist, puuduvad täpsed andmed, mis näitaksid Fe in situ mõju trikoodiumile . Vaatasime

Siderofooride tootmine ja biokilede moodustamine kui seotud sotsiaalsed tunnused

Siderofooride tootmine ja biokilede moodustamine kui seotud sotsiaalsed tunnused

Abstraktne Patogeensete mikroobide virulentsus võib sõltuda üksikutest rakkudest, kes teevad koostööd molekulide kooskõlastatud tootmisel, mis hõlbustavad peremehe kolonisatsiooni või kasutamist. Koostöös tegutsevaid rühmi võivad aga ära kasutada sotsiaalsed vead või nn petjad. Seetõttu on kliinilise mikrobioloogia jaoks oluline arusaamine ökoloogiast ja koostöö arengust. Uurisime kaht ge

Mikroobsete segude dünaamika iseloomustamine aegridade analüüsi abil

Mikroobsete segude dünaamika iseloomustamine aegridade analüüsi abil

Abstraktne Ajutise populatsiooniandmete üldise puuduse tõttu jäävad mikroobikoosluste dünaamilised struktuurid suuresti uurimata. Kogukonna dünaamika tundmine on aga mikroobide vastastikmõju mehhanismide mõistmiseks hädavajalik. Oleme siin kasutanud arvutuslikku lähenemisviisi bakterite kvantifitseerimiseks mitme liigi populatsioonides, genereerides andmeid aegridade modelleerimiseks. Pealegi

Põlisbakterite poolt tfdA geeni ekspressiooni otsene analüüs fenoksühappega muudetud põllumajanduslikus mullas

Põlisbakterite poolt tfdA geeni ekspressiooni otsene analüüs fenoksühappega muudetud põllumajanduslikus mullas

Abstraktne Fenoksüäädikhapete , näiteks 2, 4-diklorofenoksüäädikhappe (2, 4-D) ja 4-kloro-2-metüülfenoksüäädikhappe (MCPA) lagunemisel osaleva funktsionaalse geeni tfdA ekspressiooni uuriti lagunemise stsenaariumide ajal looduslikes vajaduseta mullaproovides. Tulemused illustreerivad, kuidas messenger RNA (mRNA) -põhine analüüs sobib hästi konkreetsete mikroobsete populatsioonide aktiivsuse kvantitatiivseks uurimiseks pinnases, kasutades fenoksüäädikhappe biolagunemist mudelisüsteemina. Kvantitatiivse rea

Vibrio nigripulchritudo patogeensete liinide võrdlev genoomika tuvastab virulentsusega seotud tunnused

Vibrio nigripulchritudo patogeensete liinide võrdlev genoomika tuvastab virulentsusega seotud tunnused

Õppeained Bakterite patogenees Võrdlev genoomika DNA rekombinatsioon Fülogeneetika Abstraktne Vibrio nigripulchritudo on tehistingimustes kasvatatud krevettide tekkiv patogeen Uus-Kaledoonias ja muudes Indo-Vaikse ookeani piirkondades. V. nigripulchritudo patogeensuse molekulaarsed määrajad pole teada; molekulaarsed epidemioloogilised uuringud on siiski näidanud, et patogeensus on seotud konkreetsete sugupuudega. Siin