Andmehalduse väljakutsed kolmemõõtmelises em | looduse struktuurne ja molekulaarbioloogia

Andmehalduse väljakutsed kolmemõõtmelises em | looduse struktuurne ja molekulaarbioloogia

Anonim

Õppeained

  • Andmete avaldamine ja arhiveerimine
  • Elektronmikroskoopia

Selles aruandes kirjeldatakse 3D-elektronmikroskoopia töötoa andmehalduse väljakutsete tulemusi. Peamised arutatud teemad hõlmavad andmemudeleid, valideerimist ja töötlemata andmete arhiveerimist. Koosolekul osalejad leppisid kokku, et EMDataBank peaks võtma nende küsimuste lahendamisel juhtrolli, ja lepiti kokku konkreetsed tegevuspunktid, millel on oluline mõju kolmemõõtmeliste EM-andmete kättesaadavusele bioloogias ja meditsiinis.

EMDataBank (//www.emdatabank.org/) 1 on organisatsioon, mis haldab kolmemõõtmeliste EM (3DEM) kaartide, molekulaarsete mudelite ja nendega seotud metaandmete globaalset deponeerimis- ja otsinguvõrku. See koosneb kolmest partnerist: Euroopa valguandmete pank (PDBe), struktuurilise bioinformaatika teadusuuringute koostöökoostöökogu (RCSB PDB) ja makromolekulaarse kujutise riiklik keskus (NCMI). EMDataBank haldab elektronmikroskoopia andmepanka (EMDB) 2, 3DEM-i andmete ülemaailmset arhiivi, mis sisaldab nüüd üle 1500 kaardi ja pakub seega ainulaadset vaadet 3DEM-i välja olekule ja arengule. Valdkonnas on viimastel aastatel toimunud kiire kasv, mille tunnistajaks on EMDB-s arhiivitud trükiste ja 3DEM-ist tuletatud struktuuride arv kiiresti. Lisaks on kaartide leidmiseks kasutatud piltide arv ja suurus järjekindlalt suurenenud, tingituna püüdlustest kõrgema eraldusvõime järele, ja need suundumused tõenäoliselt jätkuvad (joonis 1). Linnulennult ülevaate 3DEM-i väljade suundumuste ja tavade kohta saate teenuse EMstats 3 kaudu (//pdbe.org/emstats/).

Image

EMDB ja 3DEM-st tuletatud mudelite avaldatud kaartide kumulatiivne arv esialgses eelarveprojektis on esitatud aja funktsioonina.

Täissuuruses pilt

3DEM-i andmete säilitamise, jagamise, edastamise, analüüsimise, kuvamise, kinnitamise ja annoteerimisega seotud kasvavate väljakutsete arutamiseks korraldasid PDBe ja Open Microscopy Environment (OME) Hinxtoni saalis, Wellcome'is seminari Andmehalduse väljakutsed 3D-elektronmikroskoopia (DMCEM) alal. Trust Genome Campus, Cambridge, Suurbritannia, 5. ja 6. detsembril 2011.

Osalejate hulka kuulusid eksperdid, kes töötasid välja 3DEM-i andmete kogumise ja töötlemise torustikud, ja tõid seeläbi väärtuslikud teadmised valdkonna ees seisvate andmehaldusprobleemide kohta. Mitmed osalejad on kaasatud kogu maailmas toimuvatesse algatustesse, millega määratletakse 3DEM-is valideerimise standardid, konventsioonid ja aruandlusstandardid osana elektronmikroskoopia valideerimise töörühmast (EM-VTF) 4 . Osalesid ka mitme suurema EM-i tarkvarapaketi, sealhulgas Appion 5, Bsoft 6, EMAN2 (viide 7), EMEN2 (//blake.bcm.edu/emanwiki/EMEN2/), IMOD 8, MRC 9 ja Xmipp 10, arendajad. MW esindas kahte Ühendkuningriigis asuvat ühist arvutiprojekti (//www.ccp.ac.uk/), nimelt makromolekulaarse kristallograafia väljakujunenud ühistarvutuslikku projekti nr 4 (CCP4) 11 ja vastvalminud elektroonilise krüo- ja arvutiprojekti. mikroskoopia (CCP-EM) ja visandati CCP4-ga saadud kogemused ja võimalik sünergia CCP-EM-iga. Kolm osalejat Dundee ülikoolist esindasid OME meeskonda, mis arendab teaduslikke piltide failide tõlkimise raamatukogusid ja andmehaldusrakendusi 12, 13 . PDBe ja OME teevad koostööd OME ressursside 3DEM-andmete rakendamiseks EMDB-s. Seminari sponsoreeris ühine biotehnoloogia ja bioloogiateaduste teadusnõukogu (BBSRC) toetus, mis stimuleerib rühmade koostööd, kellel on kogemusi 3DEM-i ja valguse mikroskoopia andmete käsitlemisel. Lõpuks esindasid EMDataBanki kuus osalejat.

Seminari esimene päev koosnes olemasolevate andmehalduslahenduste ja algatuste esitlustest ning kõnelustest 3DEMi valideerimise üle. Teine päev oli pühendatud temaatilistele aruteludele valideerimise, segmenteerimise, standardite ja vormingute ning tomograafia teemadel. Koosoleku eesmärgid olid (i) saada tagasisidet praegu EMDB jaoks väljatöötatava 3DEM andmemudeli kohta; ii) teha ettepanek konkreetsete meetmete kohta, mida EMDataBank ja ülemaailmne valguandmete pank (wwPDB 14 ; //wwpdb.org) võiksid võtta, et aidata rakendada EM-VTF soovitusi 4, kuidas parandada 3DEM-i valdkonnas kasutatavaid kvaliteedikriteeriume; ning tagada nende laialdane kasutuselevõtt; ja (iii) arutada lõpliku 3D-kaardini viivate andmete avaliku arhiveerimise võimalikke mudeleid.

Tulemused

Uus EM-i andmemudel

Alates EMDB arhiivi loomisest Euroopa Bioinformaatika Instituudis (EBI) 2002. aastal (viide 2) on 3DEM-väli teinud märkimisväärset edu mitmel rindel, sealhulgas elektronide tomograafia, automatiseerimine ja otsesed elektronidetektorid (joonis 2). . Samal ajal on arhiivi tähtsus kasvanud ja seetõttu on vaja siduda see teiste asjakohaste bioinformaatika ressurssidega. Ehkki EMDB andmemudelit 2, 15 on nende muudatuste arvessevõtmiseks ja uutele nõuetele vastamiseks järk-järgult ajakohastatud, on selge, et andmemudelis on vaja teha põhjalikke muudatusi, et olla kursis praeguse arenguga ning võimaldada edaspidiseid laiendusi ja täiendusi.

Image

Näidatud on iga kategooria representatiivne näide: üksikosake, inimese β-kristalliin 24-meer (EMD-1894, PDB 2YGD); ikosaader, tsütoplasmaatiline polühedroosiviirus (EMD-5256, PDB 3IZX); spiraalne, GMPPCP-ga stabiliseeritud inimese dünamiini 1 APRD polümeer (EMD-1949, PDB 3ZYS); tomogrammi või subtomogrammi keskmine, radiaalsed kodarad Chlamydomonas reinhardtii flagellast (EMD-1941); 2D-kristallid, sea mao H +, K + -ATPaas seotud BeF ja SCH28080-ga (EMD-1831, PDB 2XZB) 24 .

Täissuuruses pilt

WwPDB ja EMDataBank töötavad ühiselt välja uue sadestus- ja annotatsioonisüsteemi (D&A), mis hõlbustab biomakromolekulaarsete struktuuride andmete deponeerimist ja valideerimist (sealhulgas röntgenkristallograafia, NMR-spektroskoopia, 3DEM ja nende tehnikate mis tahes kombinatsioon). Uus süsteem vähendab käsitsi annoteerimise vajadust ja parandab arhiivi sisestatud andmete kvaliteeti, järjepidevust ja terviklikkust. D&A süsteem, mille eeldatav eluiga on vähemalt kümme aastat, on ajendanud kavandama uut EMDB andmemudelit, mis hõlmaks erinevate 3DEM-meetodite olulisi aspekte (nagu ühe osakese analüüs, tomograafia, kahemõõtmeline (2D) ) kristallograafia jms) ning olema piisavalt paindlik muutustega ja veel ettenägematute tulevikuarengutega kohanemiseks.

Andmemudelit rakendatakse ja hooldatakse laiendatava märgistuskeele (XML) skeemis, mille jaoks on olemas palju võimsaid, tööstusstandarditele vastavaid modelleerimisvahendeid. Nende tööriistade pakutav visuaalse abstraktsiooni kõrge tase võimaldab 3DEM-i harjutajatel skeemi muuta ja tagada mudeli teadusliku mõtte. Mudeli integreerimiseks D&A süsteemi tõlgitakse mudel süsteemi sisemiselt kasutatavasse vormingusse, D&A süsteemi jaoks laiendatud makromolekulaarse kristallograafilise teabe faili (mmCIF) vormingusse (PDBx) 16 . Kohtumise ajal andsid paljud osalejad tagasisidet andmemudeli kavandi kohta. Teavet andmemudeli praeguse versiooni kohta leiate aadressilt //pdbe.org/emschema/.

Kinnitamine

Valideerimine hõlmab 3DEM-eksperimendi tulemuste vigade ja määramatuste hindamist või nende tõlgendamist mahulise või aatomimudelina. Valideerimine on oluline, et tagada usaldus andmete tõlgendamisel molekulaarses või rakulises bioloogilises kontekstis. Ühe osakese 3DEM-i valideerimisel on neli olulist aspekti, nimelt lõpliku kaardi kvaliteedi tagamine, väidetava eraldusvõime kontrollimine, kõigi mudelite sobivuse kaardile hindamine ja mudelite endi kvaliteedi hindamine.

Kallistuspaaride analüüs 17, 18 on osutunud väärtuslikuks vahendiks kaardi üldise kvaliteedi ja Rosenthali grupi välja töötatud kallutuspaaride valideerimisserveri (//cryoem.nimr.mrc.ac.uk/software/) üldise kvaliteedi kindlaksmääramisel. ) on teinud meetodi üldiselt juurdepääsetavaks. Selle meetodi kasutamise soodustamiseks teeb EMDataBank koostööd Rosenthali grupiga, et lisada tugipaaride valideerimise tugi uude EMDB andmemudelisse ja migreerida server PDBe veebisaidile, valmistades ette selle võimalikku integreerimist valideerimisvahendina. D&A gaasijuhe.

AR tegi ettepaneku, et väikese nurgaga röntgenikiirguse hajumise (SAXS) 19 profiilide võrdlemine EM-kaartidelt genereeritud simuleeritud SAXS-profiilidega oleks veel üks vahend kaardi üldise õigsuse kindlakstegemiseks 20 . Lepiti kokku, et PDBe uurib SAXS-i profiilide toe lisamise võimalust EM-i andmemudelis ja veebiteenuse loomist, et genereerida EM-kaartidelt simuleeritud SAXS-profiile.

Üksikute osakeste kaartide eraldusvõime hindamiseks EMDB-s on kõige sagedamini kasutatav meetod Fourier-Shelli korrelatsioon (FSC) 21 . FSC kõvera kuju sõltub kehtestatud sümmeetriast ja maskist ning sellest, kas kahte kasutatud 3D rekonstruktsiooni töödeldakse ühiselt või mitte. Kõveralt hinnanguline eraldusvõime sõltub kriitiliselt kasutatud lävikriteeriumist. Ideaalis põhineb FSC kõver kahel täiesti sõltumatul rekonstrueerimisel koos kõigi oluliste muutujatega, sealhulgas protokoll, sümmeetria, mask ja läbilõige, mis on selgelt määratletud. Praktikas tähendab see kahe sõltumatu rekonstrueerimise arvutamist, igaüks salvestatud andmete pooltest. Ainult poolte osakeste kasutamine võib saavutatavat eraldusvõimet oluliselt kahjustada. Alternatiiv on andmete töötlemiseks madalpääsfiltrid eraldusläveni, näiteks 15 Å, ja filtreeritud teabe uuesti sisestamine FSC arvutamiseks. Eraldusvõime lävest kõrgematel ruumilistel sagedustel asuvat teavet referentshälbed ei mõjuta ning eeldatavasti ei mõjuta madalpääsfiltrite tõttu teabe kaotamine oluliselt joondamise täpsust ja Euleri nurga määramist. Teine lahendus, mida soovitab RH, on kasutada mis tahes protseduuri kahe rekonstrueerimise saamiseks ja neilt FSC kõvera (FSC norm ) arvutamiseks, seejärel krüpti juhuslikult iga osakese faasiteave, mis ületab antud ruumisageduse, korrata protseduuri ja saada uus FSC kõver (FSC rand ). Kui FSC rand on hajutatud ruumilise sageduse piirkonnas võrreldes FSC normiga suhteliselt väike (ütleme <25%), siis võib julgelt eeldada, et üleliigne paigaldamine pole probleem. Kui see on olulisem, näiteks 50% või suurem, võivad testi teinud isikud soovida üleliigse osa eemaldada, vältides näiteks suure eraldusvõimega andmete kasutamist osakeste orientatsiooni ja asendi täpsustamisel . Selle konservatiivsema lähenemisviisi edu peaks ilmnema juhul, kui juhuslike suure eraldusvõimega faasidega testi korratakse kõrge eraldusvõimega müra puudumisel. FSC kõvera arvutamisel võib järgida mitmeid protokolle, mis põhimõtteliselt pole seotud konkreetsete tarkvarapakettidega. EMDataBank juhib jõupingutusi 3DEM-i valideerimise aruandlusstandardite täiustamiseks; esimese sammuna haarab uus EMDB andmemudel kogu FSC kõvera ja kõik asjakohased metaandmed, sealhulgas protokolli, sümmeetria, maski ja läbilõike.

Ehkki mudelite kaardile sobivuse valideerimise küsimust sellel koosolekul detailselt ei arutatud, tunnistati seda selgelt valdkonnaks, mis vajab täiendavat meetodite arendamist. Praegu pakuvad mudeli kaardile sobivuse olulised sanitaarsuse kontrollid PDBe „Visuaalse analüüsi” lehed üksikute EMDB kirjete jaoks (//pdbe.org/emd-NNNN/analysis), kus NNNN on neljakohaline EMDB liitumisnumber). Nendel lehtedel on esitatud kaardi ortogonaalsed pinnaprojektsioonid ja kaardiprojektsioonide ülekatted kõigi esialgse eelarveprojekti sobivate mudelitega (joonis 3). Pakutakse ka paigaldatud mudelite kaardi tiheduse jaotuse diagrammi ja aatomi lisamise graafikuid. Kaardile kinnitatud mudeli ülekate näitab, kas mudel on paigutatud kaardiga samasse kaadrisse või mitte, tiheduse jaotus näitab, kas maskeerimist kasutati (tiheduse tõus nullil on sageli tingitud maskeerimisest) ja aatom - kaasamise graafik näitab, kas soovitatav kontuuritase on mõistlik.

Image

Visuaalse analüüsi leht EMDB kande EMD-1831 (//pdbe.org/emd-1831/analüüs), sea mao H +, K + -ATPaasi koos seotud BeF ja SCH28080 struktuuriga (viide 24). Paremas ülanurgas on kaardi ortogonaalsed pinnaprojektsioonid. Parempoolses alumises paneelis kuvatakse kaardi ortogonaalsed pinnaprojektsioonid, mis on kaetud paigaldatud PDB mudeliga 2XZB (roheline, kõik aatomid; sinine, ainult selgroog). Vasakpoolses ülaosas olev diagramm näitab tiheduse väärtuste histogrammi ja allolev joonisel on kaardil sisalduvate mudeli aatomite osa kontuuritaseme funktsioonina (punane joon, soovitatav tase).

Täissuuruses pilt

Töötlemata 3DEM-andmete arhiveerimine

Mõned 3DEM-i kogukonna liikmed pooldavad rekonstrueeritud kaardiga seotud töötlemata andmete, näiteks töötlemata 2D-pildi andmete või kõigi vaheetappide, failide ja parameetrite avalikku arhiveerimist 3DEM-eksperimendi täielikuks „elektrooniliseks märkmikuks”. Neid andmeid saaks kasutada lõpliku kaardi valideerimiseks ja tarkvaraarendajad saaksid neid kasutada uute algoritmide testimiseks. Lisaks sellele saab hoiustatud töötlemata andmeid tulevikus uuesti töödelda, näiteks suurema eraldusvõime saavutamiseks, kasutades täiustatud pilditöötluse tehnikaid või (eriti tomograafia puhul) erinevat fookust võrreldes algse sadestusega. Mõned koosolekul osalejad olid positiivselt nõus töötlemata andmete säilitamise ideega. Mitmed osalejad olid siiski ettevaatlikumad, tuginedes oma kogemustele kohalike arhiividega. Nad viitavad sellele, et töötlemata andmete arhiveerimine globaalses mastaabis - pidades silmas säilitamisnõudeid, andmete ümberpaigutamise logistikat ja eriti käsitsi annoteerimise kulusid ja vaeva - võib osutuda liiga kulukaks. Tomograafias on projekte, mis genereerivad 100 gigabaidi – 1 terabaiti nii lähteandmeid kui ka lõplikke rekonstrueerimisi. JRS tegi ettepaneku, et 3DEM-i kogukond võiks olla huvitatud sellest, kuidas valgusmikroskoopia kogukond on sarnaste probleemidega toime tulnud, näiteks ajakirja Cell of Biology (JCB) DataViewer 22 abil .

Üksmeelel oldi selles, et lähteandmete rutiinne deponeerimine EMDB-sse on ennatlik, kuid oleks kasulik luua testpiltide andmebaas osakeste piltide kohta, mida kasutatakse üheosakeste töötlemisel, ja tomograafias kasutatavad kallutatavad seeriad. Esialgne eelarveprojekt ja OME kasutavad sellise andmebaasi seadistamiseks OMERO 12 . Andmebaas pakub arendustööks katseandmeid ja võimaldab uurida paljusid ülaltoodud toormeandmete arhiveerimisega seotud probleeme. Mitmed koosolekul osalejad, sealhulgas BC ja GJJ, nõustusid andmete lisamisega sellesse ressurssi.

Segmenteerimine

Segmenteerimine on kaardi jagamine piirkondadeks, mis võivad kattuda või mitte, ning millele ideaaljuhul võib omistada bioloogiliselt olulisi identifitseerimisi või märkusi. Uus EMDB andmemudel parandab segmentide ja märkuste käsitlemist. SJL-i kohtumisel esitatud ülevaade näitas, et ükski kaardisegmentide esitamise meetod ei olnud kõigis aspektides parem ja kõigi binaarsete segmenteerimistega oleks võimalik saavutada võrreldavad tihendamistasemed. Mõned meetodid saavad hakkama kattuvate piirkondadega ja mõned nõuavad iga segmendi jaoks eraldi faili, teised aga saavad kõiki segmente salvestada ühte faili ja ainult mõned toetavad mittebinaarset segmenteerimist (tavaliselt ladustamise tõhususe arvelt). Pidades silmas mitmesuguseid salvestusvõimalusi, leppisid osalejad kokku, et esialgne eelarveprojekt koostab spetsifikaadi, mis on aluseks kogu tarkvara arendajatele, EMDataBankile ja teistele kaasava kogukonna aruteludeks.

Tomograafia

Ehkki üksikute osakeste rekonstrueerimine tugineb suure hulga molekulide keskmistatavale teabele, saab üksikute makromolekulide 3D-rekonstruktsioonide saamiseks ja elektronide uurimiseks kasutada elektrontomograafiat, mille käigus proovipiirkonnast kogutakse pildiseeria erineva kaldenurga all. Makromolekulaarsete komplekside ja organellide 3D-korraldus nende loomulikus keskkonnas rakus. 3D-ühe osakese arvutusmeetodeid saab kasutada ka tomogrammi kontekstis, et saada subtomogrammi keskmisi näitajaid suurema eraldusvõimega kui tomogramme ise.

EMDB-sse on hoiustatud tomogrammide arv palju väiksem kui avaldatud arv; Ajavahemiku 2006–2010 PDBe uuringus tomograafiaga seotud ajakirjaväljaannete kohta leiti, et ainult 14% seostas EMDB arhiivi hoiuseid. Selle põhjuseks on tomograafia kogukonnas üksmeele puudumine deponeerimise vajaduse osas ja praegune EMDB andmemudel, mis kirjeldab ebapiisavalt tehnika idiosünkraasiat, näiteks suutmatus eristada tomogramme ja subtomogrammide keskmisi. Ehkki viimast küsimust käsitletakse uues EMDB andmemudelis, pole esimest seda nii lihtne lahendada. EMDataBank kaasab selles küsimuses tomograafia kogukonda, korraldades temaatilisi aruteluseansse 3DEM-iga seotud kohtumistel, näiteks 3DEM Gordoni uurimiskonverentsil ja rahvusvahelisel elektronide tomograafia kongressil.

Arutati ka küsimust, kas raku tomogramme tuleks arhiivida EMDB-s. Teravat läve on raske määratleda (näiteks suuruse või keerukuse põhjal), et eristada makromolekulaarseid ja rakulisi tomograafilisi rekonstruktsioone. Seetõttu soovitati seda eristust praegu teha ja EMDB peaks jätkama mõlemat tüüpi rekonstrueerimist. See tähendab, et uus EMDB andmemudel peab käsitlema mõlemat tüüpi tomograafia jaoks olulisi märkusi. Näiteks ei pruugi proovi molekulaarne kirjeldamine olla võimalik või on rakutomograafias mõttekas ning proovide ettevalmistamise tehnikad erinevad.

Standardid ja konventsioonid

Kogu ühendust hõlmavad standardid ja konventsioonid on olulised tarkvarapakettide vaheliseks andmevahetuseks ja avalikes arhiivides andmete hoiustamiseks. 2004. aastal püüti selliseid kokkuleppeid määratleda kogu ühenduses (//rcsb-cryo-em-development.rutgers.edu/) ja kuigi mõned paketid on neid erineval määral omaks võtnud, ei ole paljud suuremad neist seda teinud. Paljudel juhtudel on arendajatel õigustatud põhjused omandivormingute vastuvõtmiseks; Kuna need vormingud on juba rakendanud palju rutiine, leiavad nad muudatuste tegemisel vähe kasu. Nagu rõhutas JRS, on valguse mikroskoopia valdkonnas saadud kogemus selline, et standardite ja tavade määratlemiseks ei piisa, vaid tuleb kogukonnale pakkuda ka vajalikke tarkvararaamatukogusid andmete teisendamiseks konventsioonistandardisse ja sealt välja 13 . OME on seda teinud raamatukogu BioFormats (//www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats/) abil, mis toetab nüüd ka mitmeid 3DEM-vorminguid, sealhulgas Spider (//www.wadsworth.org/spider_doc/spider /docs/image_doc.html), Imagic (//www.imagescience.de/formats.html) ja MRC (//www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html). Samuti, nagu JBH väitis, on andmevormingute täpse tõlkimise tagamiseks hädavajalikud valideerimisvahendid kaardi parameetrite uurimiseks, kaardi sümmeetria hindamiseks ja orientatsiooni teisenduste kontrollimiseks. EMDataBank loob sellistele tööriistadele juurdepääsu võimaldamiseks portaali ja edendab uute tööriistade väljatöötamist.

JBH pakkus välja uue kaardivormingu, mis oleks võimeline käsitlema kuni viiemõõtmelisi andmeid (kanalid, x , y , z ja mahud) ning mida ei piiraks pärandküsimused, mis vaevavad teisi vorminguid (tuletatakse sageli CCP4 kaardilt makromolekulaarses kristallograafias kasutatav vorming (//www.ccp4.ac.uk/html/maplib.html#description). Kuid mõned osalejad väitsid, et ühilduvus CCP4-ga on nõue. MW tegi ettepaneku, et 3DEM-i kogukonda ei tohiks selle formaatide määratlemisel rikkuda röntgenikogukonna nõuded. Osaliselt on selle põhjuseks asjaolu, et kristallograafid salvestavad üha enam kaardikordajaid ja arvutavad kaarte lennult, mis vähendab kaartide ja kaardivormingute tähtsust. Selles küsimuses üksmeelele ei jõutud, kuid hiljutine CCP-EMi algatus, millel on tihedad sidemed CCP4-ga ja NMR-i ühine arvutiprojekt (CCPN) 23, annab võimaluse välja töötada 3DEM-i arendajatele vastuvõetav ja asjakohase kristallograafiaga toetatud formaat. tarkvara.

EMDataBanki ja wwPDB vaatenurgast on kiireloomuline lahendada standardite ja konventsioonidega seotud küsimused, et lisada 3DEM valideerimismeetodid D&A torustikku. Üldiselt lepiti kokku, et osalejad kohandavad oma tarkvara ja tavasid EMDataBanki välja pakutud ja vastu võetud standarditele ning seetõttu peaks EMDataBank juhtima seda algatust.

Järeldused

  • PDBe uurib SAXS-i andmete kasutamist 3DEM-kaardi valideerimiseks.

  • EMDataBank juhib jõupingutusi 3DEM valideerimise aruandlusstandardite täiustamiseks ja alustuseks pakub FSC meetodi põhjalikku kirjeldust uues EMDB andmemudelis.

  • PDBe ja OME kasutavad OMERO-d 3DEM-i testpiltide andmebaasi seadistamiseks.

  • EMDataBank juhib 3DEM-i kogukonnaga segmenteerimisfaili vormingu väljatöötamist.

  • EMDataBank teeb koostööd elektrontomograafide kogukonnaga, et lahendada probleemid, mis on seotud tomograafiliste andmete hoiustamisega EMDB arhiivi.

  • EMDataBank loob portaali, mis võimaldab juurdepääsu valideerimisvahenditele ja edendab uute väljatöötamist.

  • EMDataBank juhib jõupingutusi 3DEM-i standardite ja tavade määratlemiseks ja tutvustamiseks.

Liitumised

Elektronmikroskoopia andmepank

  • 1831
  • 1894
  • 1941
  • 1949
  • 5256

Valkude andmepank

  • 2XZB
  • 2XZB 3D-vaade
  • 2YGD
  • 2YGD 3D-vaade
  • 3IZX
  • 3IZX 3D-vaade
  • 3ZYS
  • 3ZYS 3D-vaade