B-rakulise lümfoomi korral foxr1 aktiveerivad kromosoomi 11q23 aberratsioonid | verevähi ajakiri

B-rakulise lümfoomi korral foxr1 aktiveerivad kromosoomi 11q23 aberratsioonid | verevähi ajakiri

Anonim

Õppeained

  • B-rakuline lümfoom
  • Vähi mudelid

Korduvaid 11q23 kromosoomi kõrvalekaldeid, sealhulgas fookuskaugus ja kaotused, on kirjeldatud vahevöö raku lümfoomi, difuusse suure B-raku lümfoomi (DLBCL) ja kõrgekvaliteediliste B-rakuliste lümfoomide alamrühmas, kus puuduvad MYC ümberkorraldused. 1, 2, 3 kirjeldame FOXR1 kahvlikarbi geeni, mis asub positsioonil 11q23, uudset sulandumist naabergeeniga B-rakulises lümfoomis.

RNAseq ja kloonitud PCR produktide järjestamine paljastas 5 ' Ribosomaalse valgu S25 ( RPS25 ) liittranskriptid FOXR1- ga DLBCL rakuliinis U-2932, mõlemad geenid paiknevad amplifitseeritud kromosomaalses piirkonnas 11q23 (joonis 1a, täiendav joonis S1A). Genoomne kloonimine lokaliseeris murdepunkti RPS25 introni 2/3 ja FOXR1 promootorpiirkonda (bp-3532).

Image

FOXR1 aberratsioon B-lümfoomi rakuliinides. ( a ) RPS25 eksoni 2 / FOXR1 eksooni 2 liitmine, mis on ekspresseeritud U-2932 subkloonis R1. Samuti tuvastati kaks täiendavat ärakirja, mis oli suunatud RPS25 eksonile 2 koos FOXR1 5 'järjestustega. ( b ) RPS25 / FOXR1 sulandumine patsiendi DNA-s ja ühes patsiendist saadud rakuliini kahes alamkloonis. Negatiivsete kontrollidena kasutati rakuliini OCI-LY3 ja HL-60. PCR produkti suurus: 294 aluspaari. ( c ) FOXR1 amplifitseeriti (4n) CRO-AP3-s vastavalt Cytoscan HD Array analüüsile (Affymetrix, Santa Clara, CA, USA). NTC, null malli juhtimine.

Täissuuruses pilt

Rakuliin U-2932 sisaldab kahte eraldiseisvat klooni, mis on jälgitavad patsiendi kasvajas esinevate subkloonideni. 4 Need erinevused mõjutasid ka 11q32, FOXR1 ja RPS25 alamploonis R1 tetraploidselt ja subkloonis R2 (3n) triploidi (lisajoonis S1A). Vastavalt genoomilistele andmetele tuvastati RPS25 / FOXR1 sulandumine alamkloonis R1, kuid mitte R2-s (joonis 1b). RPS25 / FOXR1 kontrolliti ka patsiendi DNA-s, mis ühiselt näitas, et sulandumine oli toimunud kasvaja mõnel hilisemal etapil (joonis 1b).

Füsioloogiline FOXR1 (endine FOXN5 ) ekspressioon piirdub embrüogeneesi varases staadiumis. 5, 6 emakavälist ekspressiooni 11q23 kromosomaalse deletsiooni-sulandumise tagajärjel on siiani kirjeldatud ainult neuroblastoomi korral. 7 kaadrisisene sulandumine 5 ' MLL või PAFAH1B2 geenidega viis FOXR1 üleekspressioonini. 7 Kooskõlas arvamusega, et FOXR1 ektoopilise ekspressiooni eest B-raku lümfoomi eest võib vastutada ka konstitutiivselt ekspresseeritud 5 ′ geen ( RPS25 ), olid FOXR1 tase tuumasünteesi positiivses osas 1000x kõrgemad kui tuumasünteesi negatiivse U -2932 subkloon. Ekspressioonimassiivide analüüs näitas, et RPS25 / FOXR1- positiivse U-2932 subkloonil oli testitud 55 B lümfoomi rakuliini kõrgeim FOXR1 ekspressioonitase, kolm logskaalat keskmisest kõrgem (joonis 2a). Ekspressioonimassiivide kontrollimiseks läbi viidud kvantitatiivne PCR-analüüs sisaldas 17 täiendavat B-lümfoomi rakuliini, mis näitas, et primaarse efusiooni lümfoomi rakuliin CRO-AP3 ekspresseeris FOXR1 tasemel, mis sarnaneb DLBCL rakuliiniga U-2932 (joonis 2b). Suure tihedusega genoomimassiivi analüüs näitas koopiate arvu üleminekut 3n-lt 4n-le CRO-AP3-s, esinedes FOXR1 5 ′ (joonis 1c, lisajoonis S1B). Kvantitatiivne genoomne PCR lokaliseeris amplifikatsioonikoha eksooni 1 esimestele 170 alusele. 5'-RACE, mis viidi läbi potentsiaalsete 5'-mRNA partnerite tuvastamiseks kahes FOXR1 ekspresseerivas rakuliinis, kinnitas RPS25 FOXR1 sulandpartnerina U-2932 . CRO-AP3-s lõppes 5'-RACE PCR produkt FOXR1 1. eksoni amplifitseeritud piirkonnas, avatud lugemisraamist ülesvoolu. Need tulemused näitasid, et CRO-AP3 korral oli FOXR1 üleekspressioon geeni amplifikatsiooni tulemus ilma fusioon-mRNA moodustumiseta. In situ fluorestsentsi hübridisatsioon FOXR1 (G248P85736G6) hõlmava fosmiidklooniga andis metsiktüüpi signaale, mis olid piiratud ainult 11. kromosoomiga (pole näidatud), jättes oletatava 5 'regulatiivse geeni.

Image

FOXR1 ekspressioon B-lümfoomis. ( a ) Ekspressioonimassiivide analüüsi kohaselt ekspresseeritakse RPS25 konstitutiivselt 55 B lümfoomi rakuliinides, FOXR1 on kõrgeim RPS25 / FOXR1- positiivse U-2932 subkloonis (punane punkt). ( b ) Kvantitatiivne pöördtranskriptaasi PCR-iga kontrollitud ektoopiline ekspressioon U-2932 alamkloonis R1 ja PEL rakuliinis CRO-AP3. Rakuliinid NAMALWA (Burkitti lümfoom), CARNAVAL, OCI-LY7 ja HT (kõik DLBCL) ei ekspresseeri FOXR1 . c ) Varem avaldatud normaliseeritud ekspressiooniprofiilide andmete reanalüüs, mis näitab emakavälise FOXR1 ekspressiooni primaarses DLBCL ja kroonilises lümfotsütaarses leukeemias (GEO töödeldud andmed). 8, 9, 10 punased punktid tähistavad FOXR1- kõrgeid kõrvalnähte .

Täissuuruses pilt

Santo jt. 7 teatasid, et FOXR1 toimib kahvlikastme faktori poolt vahendatud transkriptsiooni negatiivse regulaatorina ja soovitas võimalikku rolli tuumorigeneesis. Leidsime FOXR1 ektoopilise ekspressiooni 2/72 (2, 8%) B-lümfoomi rakuliinides. Mõlemad rakuliinid näitasid FOXR1 geeni amplifikatsiooni. Ühes rakuliinis liideti FOXR1 konstitutiivselt ekspresseeritud geeniga 11q23, mis viitab sellele, et interstitsiaalne deletsioon oli vastutav FOXR1 aktiveerimise eest. Bioinformaatilised analüüsid kinnitavad, et FOXR1 aberrantne ekspressioon on harva esinev , kuid kordub B-rakulise lümfoomi korral (joonis 2c). 8, 9, 10

Kokkuvõtteks näitame esimest korda, et FOXR1 sulandumised, mida kirjeldatakse kui neuroblastoomi kandidaate onkogeene, esinevad ka B-rakulise lümfoomi korral. Rakuliinid U-2932 ja CRO-AP3 on esitatud mudelitena FOXR1- vahendatud rakuliste sündmuste funktsionaalseks analüüsiks.

Täiendav teave

PDF-failid

  1. 1

    Täiendav teave

    Täiendav teave on lisatud käesolevale paberile Blood Cancer Journali veebisaidil (//www.nature.com/bcj)